Польская общественность не могла больше мириться с подобным отношением к национальной святыне. Был собран выкуп — 3 504 609 австрийских крон, который был выплачен австрийскому правительству за Вавель, В 1905 году австрийские солдаты оставили замок, а в 1911-м и весь Вавель. Сразу же после этого на Вавеле были начаты реставрационные работы, которые не раз возобновлялись в довоенные десятилетия.
Еще в 1904 году Выспянский при участии Владислава Экельского создает проект застройки Вавельского холма, который получает название «Акрополис» (ибо Выспянский понимал Вавель как польский Акрополь), и проект амфитеатра, который должен был со стороны Вислы смыкаться с западным склоном холма. Однако оба эти проекта остались неосуществленными.
Башня «Серебряных звонов» кафедрального собора на Вавеле. XII-XVII вв.
Вторая мировая война надолго задержала развитие возникшего на Вавеле крупнейшего национального музея. Правда, наиболее ценную часть вавельских собраний удалось вовремя эвакуировать сначала в Румынию, а оттуда – через Францию и Англию – в Канаду. Однако Вавелю пришлось пережить еще одну варварскую оккупацию, на сей раз гитлеровскую: вавельский замок был превращен в резиденцию генерального губернатора Ганса Франка. Гитлеровцы распоряжались оставшимися на Вавеле музейными фондами, как личной собственностью: в период с 1939 по 1945 год многие драгоценные экспонаты были подарены Франком, в качестве «сувениров», посещавшим Вавель фашистским «деятелям» и заграничным гостям. Гитлеровцы уничтожили лапидарий, созданный перед войной в бывших королевских конюшнях, а составлявшие его экспозицию архитектурные и скульптурные детали прошлых эпох использовали для строительства дороги, которая вела к гаражу. После войны они были извлечены из земли, но большая их часть очень сильно пострадала. В старинных комнатах и залах королевского дворца гитлеровцы устраивали учреждения и квартиры для своих чиновников. Когда в 1945 году под натиском Советской Армии Франк должен был бежать из Кракова, он все же успел распорядиться, чтобы все здания на Вавеле и лучшие памятники в Кракове были заминированы. И только молниеносный марш советских войск спас и Краков и Вавель. Маршалу Коневу, осуществившему этот блистательный маневр, в знак благодарности и признания его заслуг присвоено звание Почетного гражданина города Кракова.
После войны правительство народной Польши, израненной войной, стоящей перед решением самых неотложных политических и экономических задач, все же находит возможным предоставить государственный кредит для реставрации и ремонта архитектурного ансамбля Вавеля, В 1945 году начинаются – уже в двадцать первый раз на памяти Вавеля – грандиозные работы по ремонту стен с башнями, капитальный ремонт и реконструкция залов всех этажей северо-западного крыла замка. Сегодня Вавель – научный центр, в котором сосредоточены силы крупных специалистов в области архитектуры, истории, искусства, археологии, музейного дела. На территории Вавеля систематически ведутся раскопки, а деятельность вавельских реставраторов получила высокую оценку не только в Польше, но и за ее пределами.
Именно реставраторам Вавеля принадлежит одно из самых крупных открытий, заставивших заново расставить некоторые акценты в польской истории искусств. В западном крыле внутреннего дворика королевского дворца, там, где когда-то находилась королевская кухня, во время реставрационных работ были обнаружены фрагменты самой древней вавельской постройки, которая в то же время является одним из древнейших христианских храмов на территории Польши. После сопоставления с историческими источниками выяснилось, что это – фрагменты храма девы Марии (впоследствии – Феликса и Адаукта), возведенного на рубеже X-XI вв. и частично сохранившегося вплоть до 1806 года, после чего разрушенного при строительстве австрийских казарм. Храм-ротонда был построен из бутового камня, скрепленного известково-гипсовым раствором. Храм имел четыре апсиды и маленькую пристройку с южной стороны, по-видимому – для лестницы. Свет в ротонду проникал через ряд маленьких окошек в узких, расширяющихся наружу проемах.
Крипта св. Леонарда на Вавеле – видны сохранившиеся фрагменты базилики Владислава Германа (начало XII в.)
Как установили ученые, ротонду Феликса и Адаукта можно отнести к типу ротонд, повсеместно встречающихся на славянских землях; по своим формам она восходит к дороманским постройкам эпохи Каролингов.