Сама Альта тоже продолжала искать контакты с Москвой. Тем более что информации для Центра у неё накопилось предостаточно: в апреле 1942 года фон Шелиа вновь устроил её в Информационное управление МИД. Штёбе пытается с помощью своего друга Хельмута Киндлера из отдела пропаганды ОКВ поехать на Восточный фронт корреспондентом от женского журнала «Эрика», но начальство Киндлера отмахивается от этой просьбы. Также не получилось отправиться в тыл русских «для ведения разведки». Между тем события развивались не в пользу подпольщиков. Не выдержав пыток, один из арестованных в июне 1942 года в Брюсселе радистов Кента немецкий коммунист Йоганн Венцель (псевдоним Герман) раскрыл шифр, с помощью которого в гестапо смогли прочитать перехваченные ранее радиограммы. Начались аресты, в ходе которых только в берлинские застенки попали более сотни подпольщиков. Гестаповцы окрестили их «Красной капеллой».
В августе 1942 года по одной из дешифрованных радиограмм гестапо «вычислило» и Ильзе Штёбе. 12 сентября она была арестована и доставлена в тюрьму полицай-президиума на Александер-платц, куда привезли ещё примерно 40 женщин, проходивших по делу «Красной капеллы».
Гестаповцы считали, что Ильзе входила в сеть Харнака и Шульце- Бойзена, но она не знала этих людей. Её избивали почти каждый день, обливали ледяной водой, не давали уснуть. Но Ильзе словно отключилась и игнорировала издевательства над собой: она не узнавала людей на фотокарточках, выдерживала перекрёстные допросы, отрицала всё. Казалось, следствие зашло в тупик: ведь никаких улик у гестапо, кроме одной радиограммы, не имелось. Но 15 октября 1942 года гестаповцам в Гамбурге удалось арестовать Эрну Айфлер, и под пытками она созналась, что шла на встречу с Эльзой Штебе. Но кто такая Эльза Штебе, она не знает. Тогда сотрудник гестапо Хабекер, допрашивавший ранее Альту, предъявил Эрне фото арестованных по делу «Красной капеллы» женщин, и под номером 188 она узнала Ильзе Штёбе, сообщив, что фотографию этой женщины ей показывали в Москве.
От имени Эрны Айфлер гестапо начинает радиоигру с «директором» (ГРУ), и в середине октября 1942 года Эрна сообщает в Москву, что им с Вильгельмом удалось обосноваться в Гамбурге, и они ждут указаний. В Центре не заметили подвоха. «Директор» ответил, что вскоре для установления контакта с Альтой прибудет некто Генрих Кестер. Это был немецкий коммунист Генрих Кенен. К сожалению, его снова снабдили неправильным адресом и телефоном Штёбе и дали явки, уже проваленные после ареста радиста Венцеля. В случае неудачи с Альтой Генрих Кенен должен был сам установить прямой контакт с фон Шелиа. У Кенена имелась с собой даже квитанция с подписью фон Шелиа на получение средств за передачу им информации.
23 октября 1942 года Кенен, подготовленный как радист берлинской резидентуры ГРУ, был сброшен с парашютом над Восточной Пруссией. Он не знал, что здесь его уже ждали. Причём к встрече гестаповцы основательно подготовились. На квартиру Штёбе они устроили свою стенографистку Гертруду Брайтер, приказав ей ждать звонка от Кенена. Кенен позвонил 28 октября, и Ильзе (Брайтер) договорилась с ним о встрече на следующий день на станции городской электрички «Савиньи-платц». Кенен не догадался о «подставе», следующая встреча была назначена в одном из берлинских кафе, где Кенена и арестовали. При обыске у него нашли злополучную квитанцию с фамилией фон Шелиа. Барона арестовали на следующий день прямо на службе.
30 октября 1942 года следователь гестапо Хабекер познакомил Ильзе с показаниями Эрны Айфлер и сообщил об аресте фон Шелиа и курьера из Москвы. Ей устроили очную ставку с бароном, который быстро «сломался» и сознался во всём. После этого, по данным гестапо, Ильзе призналась в работе на советскую разведку, но не назвала никого из «сообщников». Таким образом, она спасла жизнь Кегелю и супругам Велькиш.
14 декабря 1942 года Ильзе Штёбе, Рудольф фон Шелиа, Харро Шульце-Бойзен, Арвид Харнак, Курт Шумахер, Иоганнес Грауденц и ряд других антифашистов предстали перед нацистским судом. Ильзе и фон Шелиа особо инкриминировалось сообщение Москве точной даты нападения Германии на СССР. Все осуждённые были приговорены к смертной казни, при этом Рудольф фон Шелиа через повешение, а Ильзе «путём отсечения головы». Гитлер отклонил просьбу о помиловании и лично утвердил приговор.
Ильзе Штёбе была казнена на гильотине в тюрьме Плётцензее в Берлине в ночь с 23 на 24 декабря 1942 года (по другим данным – 22 декабря). В одной из её последних весточек на волю она писала: «Я ничего другого не ждала от них. Теперь я довольна и совершенно спокойна… Все, кто меня знал, будут одного мнения – я честна»[231]
.