Однако обстановка в Швейцарии немцам не благоприятствовала. Тем не менее, все сотрудники «Доры» могли быть под подозрением и наблюдением немецких контрразведывательных органов. К лету 1943 г. руководство ГРУ уже располагало данными, свидетельствующими об опасности провала, грозящего резидентуре «Дора» вследствие провалов в соседних странах. Обстановка требовала принятия срочных организационных мер и в первую очередь разукрупнения резидентуры, создания автономных групп связанных с Центром, требования от «Доры» тщательного соблюдения конспирации. Однако руководство разведки не пошло на это в полной мере, опасаясь, что организационная ломка вызовет приостановку на неопределённый срок получения важной и ценной информации от резидентуры Радо. К сожалению, не желая поступиться в малом, т. е. не желая допустить перебоя в поступлении информации, советская военная разведка потеряла всё. К августу 1943 г. в Германии были арестованы Анна Мюллер («Анна»), Эльза Ноффке («Инге»), Генрих Кёнен («Франц»), Генрих Мюллер («Ганс»), Агнесса Циммерман («Микки»), Лина Мюллер, Клара Ша бель 49 и другие. Вскоре начались провалы основных работников, работа резидентуры прекратилась, что имело тяжёлые последствия для отечественной военной разведки. В результате признаний некоторых наших агентурных работников в Бельгии, Франции и Германии, немецкая контрразведка получила достоверные данные о наличии в Швейцарии сильной советской разведывательной организации. Немецкая контрразведка в различной степени установила принадлежность к советской разведке основных работников резидентуры: «Доры», «Сиси», «Джима», «Пакбо», «Габеля», «Билль» и других. В сентябре 1943 г. Центр предложил «Доре» прервать связь с «Сиси» и «Джимом». Лишившись их помощи в шифровании, Радо с сентября 1943 г. привлёк к этой работе своих радистов – «Мауд» и «Розу». Последствия этого решения были достаточно трагичны, тем более что «Дора» не посоветовался о принятом решении с «Директором». Объективности ради следует заметить, что использовавшиеся «Дорой» шифры были неудобны для такой интенсивной корреспонденции, которая исходила от него в 1943 г. Для работы с шифрами Ш. Радо гребовалось много времени: ежедневно по 8 часов он занимался расшифрованием (шифрованием) входящих (исходящих) телеграмм. Поскольку руководство резидентурой и официальная работа в качестве географа требовала много времени, то можно понять стремление «Доры» привлечь к шифровальной работе и других сотрудников резидентуры. Германская контрразведка, не имея возможности самостоятельно ликвидировать советскую разведывательную организацию на территории нейтральной Швейцарии, приняла меры к тому, чтобы осуществить эту операцию руками швейцарских властей.
После получения от немцев требования о ликвидации резидентуры и некоторых исходных данных, швейцарские власти приступили к раскрытию организации «Дора». Наблюдение за работой советских нелегальных радиостанций было поручено специальному радиоотряду под командованием лейтенанта Трейера, который приступил к поиску 9 сентября 1943 г. Обнаружение и розыск наших радиостанций были делом нетрудным, так как маскировка радиосвязи была примитивной. Радиообмен вёлся весьма интенсивно, по несколько часов подряд, на неизменных радиочастотах, на одних и тех же квартирах. Через два дня после начала поиска – 11 сентября 1943 г. отряд Трейера впервые обнаружил в эфире работу нашей станции, а к 25 сентября уже было установлено точное местонахождение и принадлежность обеих радиостанций – «Эдуард» и «Роза».