Непосредственно фронтовой опыт Фрунзе получил только в 1919 г., когда занял пост командующего 4-й армией Восточного фронта и командующего Южной группой войск фронта, наносившей главный удар по наступавшим войскам адмирала А. В. Колчака. Удар группы Фрунзе во фланг Западной армии белых в районе Бузулука принес успех и в конечном итоге привел к перелому ситуации на фронте и переходу инициативы от белых к красным. Успешной оказалась вся серия операций красных – Бугурусланская, Белебейская и Уфимская операции, проведенные с конца апреля по вторую половину июня 1919 г. Колчаковцы в результате этих операций были отброшены из Поволжья на Урал, а в дальнейшем оказались в Сибири. Фрунзе командовал Туркестанской армией и всем Восточным фронтом. За успехи на Восточном фронте был награжден орденом Красного Знамени.
М. В. Фрунзе. Туркестан. 1920 г.
Из воззвания Фрунзе к казакам 1919 г.: «Рухнула ли Советская власть? Нет, она существует назло врагам трудового народа, и ее существование прочнее, чем когда-либо. Что это так, достаточно вдуматься в следующие слова заклятого врага трудовой России, английского первого министра Ллойд Джорджа, на днях сказанные им в английском парламенте: «По-видимому, надеждам на военный разгром большевиков не суждено сбыться. Наши русские друзья за последнее время потерпели ряд чувствительных неудач…»
Кто же такие русские друзья господина Ллойд Джорджа? Это Деникин, Юденич, Колчак, продавшие английскому капиталу достояние русского народа – русскую руду, лес, нефть и хлеб и за это удостоенные звания «друзей».
Что же случилось с друзьями Ллойд Джорджа, что заставило потерять веру в военный разгром большевиков?
Ответ на это дает картина военного положения на фронтах Советской Республики… двое из трех главнейших врагов трудовой России: Колчак и Юденич уже сведены со сцены… Советская власть, являющаяся властью трудящихся, несокрушима».
С августа 1919 по сентябрь 1920 г. он командовал Туркестанским фронтом. Как уроженец и знаток Туркестана он оказался на своем месте. В этот период под руководством Фрунзе была прорвана блокада Туркестана (13 сентября у станции Мугоджарская к югу от Актюбинска произошло соединение частей 1-й армии с туркестанскими формированиями красных), регион очищен от белых, разгромлены Южная, Отдельная Уральская, Отдельная Оренбургская и Семиреченская армии белых, ликвидирован Бухарский эмират, одержаны успехи в борьбе с басмачеством.
В сентябре 1920 г. Фрунзе, приобретшего репутацию успешного партийного военачальника, назначают командующим Южным фронтом, задачей которого был разгром Русской армии генерала П. Н. Врангеля в Крыму. Перекопско-Чонгарская операция против Русской армии Врангеля с переходом через Сиваш была разработана коллективом штабных работников Южного фронта, сложившимся вокруг М. В. Фрунзе еще на Восточном и Туркестанском фронтах. Непосредственное участие в подготовке операции принимали главнокомандующий С. С. Каменев и начальник Полевого штаба РВСР П. П. Лебедев. В результате этой операции врангелевская армия была вынуждена эвакуироваться из Крыма за границу. Широкомасштабная Гражданская война в России на этом закончилась.
По итогам Гражданской войны Фрунзе приобрел статус победителя Колчака, уральских казаков и Врангеля, покорителя Туркестана, ликвидатора петлюровцев и махновцев. Это был статус настоящего партийного военного самородка. Фактически из трех главных врагов Советской власти, Колчака, Деникина и Врангеля, Фрунзе считался победителем двоих.
В начале 1920-х гг. Фрунзе возглавлял вооруженные силы Украины и Крыма. Основное его внимание было сосредоточено на ликвидации бандитизма на Украине, с чем он блестяще справился, заслужив второй орден Красного Знамени. Летом 1921 г. в перестрелке с махновцами Фрунзе был ранен. Как отмечал современник, «от ЦК КПБ(у) за этот риск тов. Фрунзе получил надир, а от Реввоенсовета Республики – второй орден Красного Знамени». В 1921–1922 гг. Фрунзе ездил с военно-дипломатической миссией в Турцию, куда вез денежную помощь Мустафе Кемалю.
М. В. Фрунзе. Художник Бродский И. И.
М. В. Фрунзе принимает парад войск на Красной площади. 1925 г.