В Сибири эти задачи ВЧК возложила на Сибирскую чрезвычайную комиссию, образованную в сентябре 1919 г. на правах отдела Сибирского революционного комитета. Однако вскоре по настоятельному требованию Ф.Э. Дзержинского (по-видимому, опасавшегося излишнего влияния ревкома на работу органов безопасности) СибЧК была выведена из непосредственного подчинения Сибревкома и подчинена ВЧК. 1 января 1920 г. Сибирская чрезвычайная комиссия была преобразована в Омскую губернскую чрезвычайную комиссию с правами областного чекистского органа.
Усилиями Сибирской и Омской чрезвычайных комиссий при активном содействии местных партийных органов в течение декабря 1919 г. – февраля 1920 г. были созданы все губернские и большинство уездных чрезвычайных комиссий. В Ростове была образована Донская ЧК, в Краснодаре – Кубано-Черноморская ЧК, руководившие чрезвычайными комиссиями Дона и Кубани.
Образование Сибирской (Омской), Донской и Кубано-Черноморской ЧК не означало возрождения прежних областных чрезвычайных комиссий. Так, восстановлением чрезвычайных комиссий в губерниях Сибири исчерпалась роль Омской губчека как областного чекистского органа. С 15 апреля 1920 г. она начала функционировать как обычная губернская чрезвычайная комиссия. Функции головного чекистского органа с этого времени перешли к полномочному представительству ВЧК по Сибири, учрежденному в начале апреля 1920 г. Руководителем его по предложению Ф.Э. Дзержинского был назначен бывший заместитель начальника особого отдела ВЧК И.П. Павлуновский. Представительство направляло и координировало деятельность всех чекистских органов и войск внутренней охраны, находившихся на территории Сибири.
В это же время возникают полпредства ВЧК в Туркестане, на Северном Кавказе и в ряде других районов Республики. Полномочные представители назначали и перемещали сотрудников, организовывали чрезвычайные комиссии, инструктировали и ревизовали их и т. п.
Особенно большие изменения претерпело низшее звено чекистского аппарата. Осенью 1918 г. в связи с упрочением советской власти встал вопрос о ликвидации уездных, районных, волостных ЧК и института чрезвычайных комиссаров. Необходимость ликвидации уездных и районных ЧК обусловливалась еще и тем, что не хватало опытных партийных кадров для руководства ими. Партийные и советские органы не имели возможности обеспечить тщательный отбор кандидатов для работы в чрезвычайных комиссиях. Уездные комитеты партии, которые сами только создавались, не могли надлежащим образом контролировать деятельность ЧК. Вследствие этого в уездных и районных чрезвычайных комиссиях, тем более в волостных, оказалось немало сотрудников с низким общеобразовательным уровнем, отсутствием элементарного политического кругозора. Нередко туда проникали карьеристы, даже преступные элементы, которые нарушали «революционную законность», злоупотребляя должностными полномочиями. В ряде случаев это приводило к волнениям. По мнению профессора А.С. Велидова, деятельность некоторых уездных чрезвычайных комиссий начинала затруднять привлечение крестьянства к сотрудничеству с советской властью[241]
.В октябре 1918 г. ВЧК упразднила волостные ЧК, а также институт чрезвычайных комиссаров. 7 января 1919 г. президиум ВЧК постановил ликвидировать уездные чрезвычайные комиссии, заменив их агентурой. 20 января 1919 г. ВЦИК утвердил подготовленное ВЧК постановление «Об упразднении уездных чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности»[242]
. В нем указывалось, что «в целях правильной организации и более рациональной борьбы с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности» необходимо упразднить уездные ЧК в течение 20 дней после опубликования постановления.В соответствии с постановлением уездные ЧК были упразднены. В губернские чрезвычайные комиссии передавались архивы, все незаконченные дела, остатки денежных сумм, а также все содержащиеся под стражей лица. Сотрудники чрезвычайных комиссий были либо призваны на работу в губернские ЧК, либо направлены на укрепление отделов управления уездных исполкомов и уездной милиции.
Постановление ВЦИК об упразднении уездных чрезвычайных комиссий предоставляло право губисполкомам и губернским чрезвычайным комиссиям возбуждать мотивированные ходатайства перед ВЧК о сохранении отдельных уездных ЧК, если это вызывалось необходимостью.
Местные партийные органы и Советы по-разному восприняли постановление ВЦИК о ликвидации уездных ЧК. В тех губерниях и уездах, где положение советской власти было достаточно прочным, комитеты РКП(б) и исполкомы Советов одобрили упразднение уездных ЧК.