К примеру, по неизвестной причине в фонде Главного управления аэродромного строительства НКВД в ГАРФе отсутствуют объяснительные записки от начальников трех лагерных отделений Вяземлага – Смоленского, Купринского и Краснинского асфальтобетонных районов – об обстоятельствах эвакуации летом 1941 г. личного состава и техники. По всем остальным девяти АБР Вяземлага такие записки есть, а по трем указанным – нет! С учетом точного совпадения мест дислокации Смоленского, Купринского и Краснинского АБР с указанными в материалах комиссии Бурденко местами дислокации «лагерей особого назначения» № 1-ОН, № 2-ОН, № 3-ОН, изъятие объяснительных записок начальников этих АБР из общего массива документов Вяземлага следует признать косвенным доказательством факта содержания «катынского» польского контингента в этих трех АБР.
Аналогичная «лакуна» выявлена в Российском государственном военном архиве в фонде 136-го отдельного батальона конвойных войск НКВД. Из массива рассекреченных документов батальона изъят архивный том с проектами приказов по данной воинской части за период с 15 марта по 12 июня 1941 г. Предположительной причиной изъятия именно этого тома (так называемой «книги проектов приказов») является перевод бойцов 2-й роты 136-го батальона с внешней охраны Козельского лагеря НКВД для военнопленных на внешнюю охрану Катынского исправительно-трудового лагеря Вяземлага («лагеря № 2-ОН», по терминологии комиссии Бурденко). Изъяты также многие оперативные приказы по 136-му отдельному батальону за 1940–1941 гг., причем именно за те периоды, когда батальон занимался конвоированием польских военнопленных или внешней охраной Катынского лагеря.
Депутатом Государственной Думы РФ В. И. Илюхиным выявлен факт изъятия в 1964 г. из хранящихся в Информационном центре УМВД по Пензенской области архивных фондов Вяземского исправительно-трудового лагеря НКВД всех документов, касающихся заключенных, содержавшихся в 1940–1941 гг. в Смоленском, Купринском и Краснинском асфальтобетонных районах Вяземлага. Документы были вывезены из Пензы в Москву, где их следы затерялись. По некоторым данным, вывезенные в 1964 г. из Пензы документы о польском контингенте Вяземлага периода 1940–1941 гг. были помещены на спецхранение в Центральный государственный архив народного хозяйства СССР (ныне – Российский государственный архив экономики), откуда они были вторично изъяты в 1996 г. и направлены на спецхранение в Архив Президента Российской Федерации.
Доктором исторических наук Ю. Н. Жуковым в АПРФ при просмотре подборки документов, подготовленных в 1992 г. для «дела КПСС» в Конституционном суде, была обнаружена ксерокопия подлинного письма Берии в ЦК ВКП(б) с предложением о расстреле 3196 польских преступников. К сожалению, Ю. Н. Жукову не удалось тогда получить копию этого важнейшего документа.
Одной из самых интересных документальных находок, сделанных участниками проекта «Правда о Катыни», является обнаружение независимым исследователем Г. Спаськовым в Российском государственном военном архиве двух рассекреченных оперативных сводок за 1941 г. 55-го полка войск НКВД по охране особо важных объектов. Из содержания этих сводок частично прояснилась судьба примерно 6000 военнопленных полицейских из Осташковского лагеря. Выяснилось, что в январе – феврале 1941 г. их перебросили в район Беломоро-Балтийского канала (предположительно в Маткоженский исправительно-трудовой лагерь НКВД на строительство Маткоженской ГЭС), а в первых числах июля 1941 г., уже после начала войны, стали небольшими партиями конвоировать через Пудож в направлении Архангельска.
Также весьма интересной находкой следует признать циркуляр НКВД СССР № 245сс от 18 сентября 1941 г. «О порядке освобождения польских граждан». Данный циркуляр доказывает, что амнистия 12 августа 1941 г. не была всеобщей и существовал контингент польских граждан, вообще не подлежавший освобождению, – осужденные по «бытовым» статьям УК польские уголовники, родственники находившихся на нелегальном положении членов ОУН, провокаторы в польской компартии и комсомоле. Весьма ограниченно (лишь при наличии персонального заключения ГУГБ НКВД СССР о целесообразности освобождения) освобождались по амнистии от 12 августа 1941 г. осужденные за шпионаж и подследственные по статьям о шпионаже. Кроме того, в этом циркуляре есть ссылки на три директивных письма НКВД от 19 августа 1941 г., имевших прямое отношение к «катынским» полякам, – № 429 «О порядке освобождения польских военнопленных» и №№ 430, 431 «О порядке освобождения польских граждан». С учетом свидетельства А. Богатикова, можно предположить, что одним из этих подзаконных актов НКВД могло быть отсрочено до 1945 г. освобождение осужденных польских полицейских из Осташковского лагеря.