Страна, уставшая от войны, на удивление тепло встречала короля, когда в феврале 1647 г. он ехал на юг, к столице. Все ждали нового, мирного решения конфликта. Долгий парламент издал указ о расформировании Армии нового образца, а все расходы возложил на плечи побежденных мелкопоместных дворян-роялистов. Парламентарии весьма недальновидно объявили вне закона индепендентов и баптистов, которые имели огромное влияние в армии, и лишили солдат выплат всех задолженностей и пенсий. Большинство членов парламента придерживались мнения, что, одержав победу над королем, они больше не нуждаются в регулярной армии, не говоря уже об усилении позиций радикального политического течения левеллеров, или уравнителей.
Кромвель снова был недоволен, и его солдаты отказались расходиться, настаивая на том, что они не наемники и настроены защищать «право народа на гражданские права и свободы». Под командованием талантливого помощника Кромвеля и его любимца Генри Айртона армия арестовала короля по пути к столице и препроводила его в качестве заложника в Хэмптон-корт. Лондон был в смятении. Умеренные пресвитериане в парламенте объединились против Кромвеля и его военного совета, который, в свою очередь, сражался с левеллерами в своих рядах. Кульминацией этого противостояния стала серия импровизированных дебатов совета армии, которые проводились в церкви в Патни с 28 октября по 9 ноября 1647 г. Речь шла о судьбе короля и о дальнейшем ходе революции. Были задействованы все основы политической философии, включая права личности против государства, частную и коллективную собственность и право голоса для всех, включая женщин. С одним постулатом согласились все ораторы: «человек не связан с системой правительства, в установлении которой он не принимал участия». Согласие было полным, а вовсе не результатом сделки. Хотя дебаты в Патни не имели серьезного влияния на ситуацию в стране, они стали символом английского социализма.
В ноябре король бежал из Хэмптон-корта и нашел убежище в замке Карисбрук на острове Уайт. Там, в окружении преданных местных дворян, он получал отчеты о том, что его популярность растет. Король отчаянно искал поддержки в Шотландии, чтобы снова разжечь костер гражданской войны. В 1648 г. своенравные шотландцы примкнули к восстаниям на севере и западе страны. Кромвель и Ферфакс контролировали ту часть Англии, которая была настроена против короля. Восстание подавили, большинство повстанцев казнили, а некоторым, как в Берфорде, было предложено вначале выслушать многочасовую проповедь своих пуританских священников.
Прежде Кромвель был склонен проявить снисходительность к Карлу, но теперь король представлял слишком серьезную угрозу. Его перевезли в Лондон, где в декабре 1648 г. Армия нового образца в лице полковника Прайда провела политическую чистку Долгого парламента, изгнав оттуда 370 пресвитериан и сторонников короля и оставив так называемое Охвостье, состоявшее из 154 наиболее радикально настроенных членов парламента, кандидатуры которых были одобрены армией. После этого была организована комиссия, которой предстояло судить короля за государственную измену. Опасаясь самого худшего, Карл обрел наконец постоянство цели, которого ему не хватало на протяжении всего правления. Он с презрением следил за происходящим в зале палаты общин, отказываясь даже снять шляпу. Судебные слушания были полны драматизма. Обвинение гласило, что король, «наделенный ограниченной властью править страной в соответствии с законами… вероломно и злостно вел войну против действующего парламента». Довод Карла был прост и по сути неоспорим: король не подсуден никакой высокой инстанции на земле. «На протяжении тысячи лет королевская власть в Англии никогда не была выборной, только наследственной… Король просто не может быть неправ». Стоит только свергнуть короля – и страну ждет тирания или анархия.
Этот аргумент не возымел действия. Комиссия обвинила короля в государственной измене и приговорила к казни «путем отсечения головы». 13 января 1649 г. короля казнили. Казнь состоялась на помосте на площади, с трех сторон огороженной зданиями королевского дворца Уайтхолл. На короле было две рубахи, чтобы не было видно, как он дрожит. «Он простился с жизнью достойнее, чем жил», – говорили о Карле. В момент казни, как вспоминал юный Сэмюэл Пипс, будущий автор знаменитого дневника о повседневной жизни лондонцев, в толпе не раздавались крики радости – только стоны, словно все чувствовали, какое жуткое злодеяние совершается на их глазах. Даже Кромвель, по слухам, приходил к телу убиенного монарха на следующий день после казни и оплакивал ее «жестокую необходимость».