Затянувшееся недовольство Индонезии имело еще одно последствие. Сеть ее островов пересекает морской путь, соединяющий континентальную Азию с северным побережьем Австралии, и в последние десятилетия ХХ в. новые группы людей следовали через архипелаг по маршруту, когда-то проложенному первыми австралийцами. Они составляли лишь малую часть гораздо более широкого движения людей, которых преследования и тяготы вынуждали покинуть родину. Для огромного большинства беженцев эта далекая страна была недостижима. Австралия отреагировала на усугубившуюся гуманитарную проблему: она ввела понятие беженца в иммиграционною программу, обеспечив возможность оценки заявителей и оказания им помощи в приезде в страну. В 1970-х годах в рамках правительственной программы было предоставлено убежище некоторому количеству беженцев из Центральной и Южной Америки, а также взята ответственность за людей, бежавших из Тимора после вторжения Индонезии.
Прибытие в 1976 г. в Дарвин первого судна с вьетнамскими беженцами, едва державшегося на плаву, вызвало гораздо больше проблем, поскольку прибывшие на нем люди не имели права на въезд, и правительство вступило во взаимодействие с международными агентствами и правительствами стран Юго-Восточной Азии по созданию пересыльных лагерей в рамках программы, получившей название Программы упорядоченного отъезда. Беспорядки в Камбодже и Лаосе привели к еще одному потоку людей, прибывавших на лодках в конце 1980-х годов, и лейбористское правительство ввело политику обязательного задержания, снова призывая соседние страны к сотрудничеству, направленному на сдерживание этого потока. Вооруженные конфликты на Ближнем Востоке и в Афганистане вызвали еще одну волну прибывших в конце 1990-х годов, и на этот раз Индонезия не помогла. Вместо того чтобы сдержать их передвижение, она позволила предпринимателям сикать их на утлые суденышки и везти на территорию Австралии.
Численность их была невелика — 3300 в 1999 г. и 2900 в 2000 г., — но правительство считало их «пробравшимися без очереди» и трактовало «незаконный ввоз людей» как угрозу для суверенитета и безопасности Австралии. Для решения проблемы требовалось международное сотрудничество, но у Австралии все чаще возникали разногласия с учреждениями ООН по вопросам соблюдения прав человека внутри страны, а также по проблеме беженцев. В 2000 г. правительство объявило о намерении принять «более экономичный и избирательный подход» к запросам ООН о предоставлении информации и «более твердый и стратегический подход к участию Австралии в системе договоров».
Аналогичное разочарование вызывали и экономические форумы. Австралия поддержала создание Всемирной торговой организации. Она провела либерализацию экономики, снизила тарифы и сократила помощь промышленности в надежде, что другие страны поступят так же, но и Европейский союз и США продолжали политику протекционизма в отношении своего сельскохозяйственного сектора, защищая его перед лицом австралийских экспортеров. Правительство Говарда приветствовало избрание президента Буша в конце 2000 г., увидев в этом возможность установления более тесных экономических, а также стратегических отношений. В следующем году обе страны приступили к обсуждению соглашения о свободной торговле, однако соглашение, которое было достигнуто в начале 2004 r., сохранило многие из ограничений для доступа Австралии на крупнейший рынок мира.
Правительство Говарда в течение своего второго срока активно продолжало введение предусматривавшихся им экономических мер: налоговая реформа, полная продажа «Телстры», дальнейшее сокращение регулирования производственных отношений и продолжение уточнения условий для получения социальной помощи. В связи с отсутствием у правительства контроля в сенате приходилось вести длительные переговоры с мелкими партиями и независимыми сенаторами для достижения существенных компромиссов. Продолжалась работа по введению налога на товары и услуги, при этом предусматривался ряд освобождений от налога и компенсаций за его выплату. Продажа «Телстры» была ограничена лишь небольшой ее частью, оставляя 50, 1 % в руках государства. Тони Абботт, воинственно настроенный новый министр по вопросам занятости, не смог добиться изменения законодательства, которое предоставляло защиту против несправедливых увольнений, но ужесточало условия для получения права на пособие по безработице, призывая безработных отказаться от «снобизма».