Фактически, даже восприятие кем-либо светских вещей было «дьявольским», не относящимся к сфере духа. Наука с этой точки зрения становится вещью, сопряженной с гневом Божьим. Естественно, это не было универсальной точкой зрения, и свет науки поддерживал слабое пламя среди мрака так называемых темных веков. Случайный ученый боролся, чтобы удержать мировые знания в живых. Например, англичанин Беде (673 — 735 гг. н. э.) сохранил все, что смог, из античных авторов. Однако в связи с тем, что сохраненное состояло главным образом из подчисток Плиния, избранное им было не особенно передовым. Возможно, наука так и погибла бы вовсе, если бы не арабы. Арабы приняли ислам — религию более молодую, чем христианство, и, причитая молитвами Мохаммеда, вступили в седьмое столетие. Они возникли сразу, подобно взрыву, на своем сухом полуострове и заполнили всю юго-западную Азию и северную Африку. В 730 г., спустя столетие после Мохаммеда, люди ислама (мусульмане) осаждали Константинополь на востоке и Францию на западе. В военном и культурном отношении они казались ужасом и опасностью для христианской Европы, но интеллектуально, как °ни доказали, стали благом. Подобно римлянам, арабы не были великими научными первооткрывателями. Но, как бы то ни было, они открыли работы таких ученых, как Аристотель и Гален, перевели их на арабский; сохранили их, изучали и писали комментарии к ним. Наиболее важным из мусульманских биологов был персидский врач Ибн Сина, который обычно именовался по латинизированной версии его имени Авиценна. Авиценна писал многочисленные книги, базирующиеся на медицинских теориях Гиппократа и материалах из книги Цельса. Примерно в тот период, по крайней мере в Западной Европе, наступил перелом в противостоянии арабам. Христианские армии отвоевали Сицилию, которую уже несколько столетий контролировали мусульмане, а затем — Испанию. К концу XI в, западноевропейские армии начали проникать на Ближний Восток, где их называли крестоносцами. Контакты с мусульманами помогли европейцам узнать, что враждебная культура — не просто порождение дьявола, но в некоторых отношениях более продвинута и обогащена опытом, чем их собственная. Европейские ученые стали осваивать мусульманские учения; расцветали проекты перевода арабских научных книг. Работая во вновь отвоеванной Испании, в которой трудились и мусульманские ученые, итальянец Жерар де Кремона (1114 — 1187) перевел труды Гиппократа, так же как труды Аристотеля и Галена, на латынь. Немецкий ученый Альбертус Магнус (1206— 1280) был одним из новых поклонников вновь открытого Аристотеля. Его учения и писания были всецело аристотелевскими, Магнус помог заложить фундамент греческой науки, в которой он мог бы, по крайней мере, сделать больше. Одним из учеников Магнуса был итальянский ученый Томас Аквинус (1225 — 1274). Он работал над гармонизацией философии Аристотеля и христианской веры, в чем преуспел. Аквинус был рационалистом: он чувствовал, что разум создан Богом, так как является составляющей Вселенной, и что правильно рассуждающий человек не может прийти к заключению, чуждому христианскому учению. Результат рассуждения никогда не будет зловещим или вредным. Эта стадия развития науки стала началом возобновления рационализма.
В Италии практика анатомирования была возобновлена в позднее Средневековье. Эта практика пользовалась дурной славой, но существовала важная законодательная школа в Болонье, и часто случалось, что законные вопросы, обсуждающие причины смерти, могли быть лучше всего решены при помощи посмертного вскрытия.