Преследование христиан при Нероне, которое началось в 64 г., не имело под собой религиозных мотивов. Из христиан сделали козлов отпущения, взвалив на них вину за случайный пожар, который уничтожил всю центральную часть Рима. Павел, умерший в Риме в 67 г., наверное, также стал жертвой указа Нерона. Куда более серьезные последствия имел эдикт Траяна, изданный в 122 г. Согласно этому указу, христиане, отказывавшиеся воздавать почести государственным богам, объявлялись изменниками и предателями империи. Этот приказ развязывал руки наместникам провинций, которые тотчас ухватились за него для сведения счетов со своими подданными-христианами. Валериан (257 г.) пошел еще дальше, запретив любые собрания христиан. Список мучеников, «чья кровь стала семенем церкви», заметно увеличился при Диоклетиане в 303 г. Под давлением со стороны языческих жрецов, отлично понимая, какую опасность несет в себе христианство для других религий империи, этот император, чья жена и дочь, возможно, тоже исповедовали христианство, издал жестокий эдикт, предписывавший сожжение христианских церквей и книг, а также лишение гражданских и военных постов любых приверженцев этой религии. Правительственные чиновники также наверняка чувствовали угрозу со стороны христиан и оказывали давление на императора. В течение десяти лет продолжались жестокие преследования христиан на Ближнем Востоке. Репрессии докатились до самых удаленных уголков империи, где наместники в очередной раз воспользовались императорским указом в своекорыстных целях. Были изобретены новые пытки. По свидетельствам историков церкви, в Северной Сирии мужчин пытали раскаленным железом. Женщины же, чтобы не подвергнуться насилию, часто были вынуждены идти на самоубийство. Палестинских мучеников бросали на растерзание диким животным. В Аравии христиан рубили топором. Один малоазийский епископ по имени Николай был замучен до смерти. Впоследствии он был причислен к лику святых и превратился в Санта-Клауса. Обычай дарить подарки в день его подвига позднее был перенесен на Рождество. Согласно легенде, он берет свое начало в добрых делах епископа Мир Ликийских — святой Николай якобы тайком дал приданое трем дочерям одного бедного прихожанина, который, будучи не в силах вынести своего позора, собирался наложить на себя руки. В Риме соорудили специальную триумфальную колонну, на которой борцы с «христианским суеверием» похвалялись своими подвигами.
Но как часто бывает, жестокость себя не оправдала. Даже язычники были потрясены этими зверствами. Еще до того, как вакханалия расправ над христианами прекратилась, их религия уже была близка к тому, чтобы стать господствующим вероучением. Таким развитием событий мы обязаны императору Константину Великому (306—337), с ведома которого христианство сделалось официальной религией Римской империи.
Хотя первые три века нашей эры отмечены гонениями власти на христиан, христианская философия развивалась в тесной связи с традиционной греко-римской античной философией. Для того чтобы римляне перешли в христианство, его следовало романизировать. Такие философские учения, как стоицизм и неоплатонизм, представляли собой синкретические системы западной и восточной мысли. Их основателями и ведущими представителями были эллинизированные жители Ближнего Востока. Как уже говорилось выше, основы стоицизма заложил финикиец Зенон. Другой выходец из Финикии, Порфирий (ум. ок. 305), стал основателем неоплатонизма. Его семитское имя было Мелик (то есть царь). У Порфирия имелись учитель, выходец из Египта, и ученик-сириец, и оба они внесли свой вклад в разработку и дальнейшую пропаганду новой системы философских взглядов. Процесс примирения христианства и стоицизма предполагал взаимные уступки и компромиссы. Положения, характерные для стоицизма, были включены в послания апостола Павла в виде тезиса о человеческой природе. К их числу, в частности, относятся постулаты о том, что человеческое тело имеет как земную (материальную), так и небесную (духовную) природу.
Неоплатонизм представляет собой попытку примирить Платона и Аристотеля и семитские взгляды на мир.
Неоплатоники выдвинули дуалистическую теорию идеи и материи, превратив тем самым видимый физический мир в эманацию имманентной божественности, от которой ведет свое начало и человеческая душа. Это различие между преходящим, изменчивым, чувственным физическим миром вещей и вечным, неизменным миром идей стало одной из основополагающих доктрин христианской философии. Неоплатонизм отделял материю от пространства, тело от души. По мнению средневековых христиан, мир являлся «долиной слез», ведущей на тот свет. Из еврейских философов доктрину о двойственной природе человека разделял Филон Александрийский (ок. 20 до н. э. — 40 н. э.). В соответствии с такими воззрениями тело воспринималось как узилище души, из которого та стремится вырваться, чтобы воссоединиться с Богом. От христиан и евреев эти взгляды перекочевали в ислам, в частности к суфиям.