Ф. И. Щербатской прославился в первую очередь как исследователь логико-эпистемологического направления поздней йогачары. Именно благодаря его трудам сочинения Дигнаги, Дхармакирти и Дхармоттары стали известны ученым всего мира, что стимулировало дальнейшую работу по изучению их наследия. Как уже говорилось, философия йогачары интерпретировалась Ф. И. Щербатским в кантианских терминах, что порой приводило к определенным издержкам. Действительно, принятый Щербатским язык описания и его герменевтическая процедура позволяли звучать русскоязычному переводу индийского текста вполне философично. При этом переводчику удавалось прежде всего передавать то, что было общего у индийского философа с европейскими мыслителями, тогда как принципиально новое и инокультурное содержание буддийских памятников оставалось по-прежнему в значительной степени скрытым и неявным. А это вызывало порой недоразумения и непозволительную европеизацию буддийской мысли. Самый яркий пример здесь — перевод Ф. И. Щербатским очень важного йогачаринекого термина
Гораздо более спорным является сочинение Ф. И. Щербатского «Концепция буддийской нирваны», которое сам автор рассматривал как продолжение труда о дхармах: если учение о дхармах анализировалось на хинаянском материале, то учение о нирване раскрывалось им на основе махаянских, а именно шуньявадинских источников. Эта работа была написана Ф. И. Щербатским как полемическое сочинение, направленное против концепции нирваны, предложенной лидером франко-бельгийской школы буддологии Луи де ла Валле-Пуссеном. Бельгийский ученый противопоставлял канонический буддизм раннему буддизму, или «буддизму Будды», который, по его мнению, был прежде всего йогой (здесь он солидаризировался с другим буддологом той же школы, Э. Сенаром), причем под йогой он был склонен понимать что-то вроде магии, колдовства и чудотворения. Такое понимание йоги явно было плодом католического европоцентризма, к сожалению, характерного для творчества этого замечательного ученого.
Ф. И. Щербатской совершенно справедливо и весьма едко критикует де ла Валле-Пуссена и его понимание йоги, чрезвычайно точно указывая на удивительные совпадения в позиции буддистов и Патанджали, автора «Йога-сутр», но переоценивая, как мне представляется, обособленность философии от йогической практики в буддийской традиции.