XIII–XIV вв. — время становления традиционной тибетской историографии. И здесь необходимо назвать имя Будона (Будон Ринчэндуб, 1290–1364). Будон был уникальной, энциклопедической личностью: философом, комментатором, историком, тантрическим йогином и интерпретатором «Калачакра тантры» и настоятелем монастыря Шалу. Главное произведение Будона — «История буддизма в Индии и Тибете» (переведена на английский язык выдающимся российским буддологом Е. Е. Обермиллером), послужившая основой для последующих, более фундаментальных трудов: «Голубые анналы» (переведены на английский язык Ю. Н. Рерихом), «История буддизма в Индии» Таранатхи и «История Тибета» Далай-ламы V. Принимал Будон активнейшее участие и в составлении Ганджура. Именно он отобрал для включения в него двадцать пять так называемых «старых тантр» школы Ньингма-па, хотя и относился достаточно подозрительно к этим текстам неясного происхождения, не имеющим установленного санскритского прототипа. По своим философским взглядам Будон явно тяготел к теории Татхагатагарбхи, что сближает его с мыслителями школы Джонанг-па.
Вершиной развития буддийской культуры Тибета и вместе с тем знаком завершения креативного периода ее истории стало творчество и деятельность выдающегося реформатора буддизма Цзонкхапы (Цзонкхапа Лобзан Драгпа, 1357–1419).
Цзонкхапа родился в провинции Амдо, на северной окраине Тибета (в настоящее время это территория китайской провинции Цинхай), близ современного города Синина, где впоследствии был возведен большой монастырь Кумбум, называемый китайцами Таэрсы. Житие (
Цзонкхапа отличался великолепной памятью, прилежанием и невероятной эрудицией (говорили, что он знает наизусть весь Канон). Уже при жизни его сравнивали с бодхисаттвами — Авалокитешварой и всеведущим Маньджушри. Эти качества Цзонкхапы — огромная ученость, склонность к обобщениям, исключительное усердие и работоспособность — во многом определили и характер его будущей школы, которая в высшей степени ценила схоластическую образованность, эрудицию, любовь к комментированию древних авторитетов, но в значительно меньшей степени поощряла творчество и самостоятельный поиск. Определенная догматичность и схоластическая сухость отличают саму стилистику сочинений последователей Цзонкхапы — гелугпинцев.
Цзонкхапа получил превосходное по тибетским стандартам образование, досконально изучив все направления буддийской философии и все системы тантрической йоги. Он собрался совершить паломничество в Индию к святыням буддизма, но, как утверждает житие, ему явился бодхисаттва Авалокитешвара и объявил, что если тот поедет в Индию, то скоро умрет. Цзонкхапа отказался от своего плана и занялся реформированием тибетского буддизма, руководствуясь своим пониманием наследия Атиши.
Надо сказать, что буддизм в Тибете конца XIV — начала XV в. отнюдь не переживал упадка. XIV в. был веком таких выдающихся мыслителей и ученых, как Лонгчэнпа и Будон. Однако совершенно определенно все больше увеличивался разрыв между монастырской традицией, возрожденной Атишей, и различными направлениями тантрической практики. Сам Цзонкхапа писал, что в его время люди, практикующие йогу, проявляют мало интереса к учению и теоретическому знанию, а любящие учиться мало заботятся о применении в духовной практике результатов своей учебы. Действительно, если мы посмотрим на историю буддийских школ XI–XIV вв., то увидим, что все они были прежде всего школами йогической практики, в большей (Ньингма-па) или меньшей (поздняя Кагью-па и Сакья-па) степени пренебрегая нормами Винаи, возрожденными в Тибете Атишей. Цзонкхапа, собственно, и хотел устранить этот дисбаланс и установить гармонию между йогой, философским дискурсом и монашеской дисциплиной. И в целом это ему удалось.