Однако иностранцы не были единственной силой, с которой боролась в последние годы своего правления династия Цин. Маньчжуры с самого начала придерживались китайских традиций управления, руководствуясь в этом поддержкой китайского чиновничества, однако они стремились сохранить свою национальную идентичность и держать страну под контролем, выступая в роли оккупантов, подобно монголам. Им запрещалось брать в жены китайских женщин (маньчжуры составляли лишь
Император Канси был настолько образован и обладал столь хорошими манерами, что он сумел склонить на свою сторону интеллигенцию, чего в свое время не удалось добиться монголам. Его правление продлилось шестьдесят один год, впоследствии этот рекорд побил его внук Цяньлун, который правил шестьдесят три года. Период стабильности, характеризующий их правление, продолжался вплоть до конца XVII и. Большинство маньчжурских семей, включая те, члены которых не занимали правительственных постов, получали государственное жалование на протяжении пяти поколений. Упадок маньчжурской династии совпал по времени с появлением новой угрозы, пришедшей из Европы.
Первое крупномасштабное восстание против династии, известное как тайпинское, было вызвано рядом объективных факторов, среди которых были и враждебность, которую китайцы испытывали по отношению к маньчжурам, и потеря престижа императора во время Опиумных войн, а также голод на юге и деятельность христианских миссионеров. Лидером восстания стал Хун Сюцюань, школьный учитель из деревни, случайно прочитавший христианскую брошюру. Ему удалось убедить своих соотечественником в том, что он якобы является младшим сыном Иисуса Христа и прибыл в Китай, для того чтобы помочь его народу избавиться от маньчжуров. Он провозгласил себя «Небесным правителем»
Едва ли можно сказать, что правление Цинов было продлено вдовствующей императрицей, которая царствовала на протяжении последних пятидесяти лет существования династии, поскольку все ее деяния делали неминуемый конец династии лишь более очевидным. Цыси попала во дворец в 1851 г. шестнадцатилетней наложницей. К ее счастью, через пять лет она родила императору наследника. Когда мальчику было пять лет, его отец умер. В 1861 г., через несколько недель яростной борьбы, Цыси получила абсолютную власть, став сперва регентшей, а затем, в возрасте двадцати шести лет, и вдовствующей императрицей. Правление Цыси продолжалось вплоть до ее смерти в 1908 г.