Вскоре по присоединении к единоверию, он был произведен в "противораскольнические миссионеры" и вел публичные беседы со старообрядцами в Московском Кремле, почему и получил титул "кремлевского миссионера". В 1869 г. он совершил миссионерскую поездку на Дон, о каковой мы говорили в своем месте . Он узнал и изучил не только столичное православное духовенство, но и провинциальное, проник в его настроения, в его психику, глубже понял его непримиримо враждебное отношение к старообрядчеству, что его сильно возмутило, и он, внутри этой церкви, повел сначала весьма осторожную, а потом все более смелую и открытую войну против этой психики, против этой вражды к старообрядчеству и, значит, вражды к древнерусской православной Церкви, ее благочестию, ее святорусскому духу и направлению. В Пафнутий заговорил истинно русский борец за древнее благочестие. Уже в отчете своем о поездке по Дону он заявлял, что "всякая раскольническая баба больше знает о церковном расколе, чем любой православный священник, окончивший семинарию". Он требовал расширения прав единоверию, чтобы в него могли переходить и православные; настаивал на равноправности обоих обрядов - и нового, и старого, чтобы и православные, если бы захотели, крестились двоеперстно, служили по старым Служебникам и т.п. Однако то архипастырство, которое с времен Петра провозглашало и учило, что "обряд - вещь средняя, ниже нужная ко спасению", никак не могло допустить эту "вещь" до свободного употребления в церкви и к старому "обряду" относилось с такой же ненавистью, с какой он проклят был на соборах 1656 и 1667 гг. Пафнутий высказывал свои взгляды и требования не только на публичных устных беседах, но и в печати: он издал в трех выпусках свои "Записки по народным беседам", в которых смело разоблачает никоновское обрядоверие и остро критикует "закоренелые" и "тупые" взгляды миссионеров, своих же соратников: архимандрита Павла Прусского, священника Виноградова и самого проф. Субботина, взгляды на старообрядчество, на никоновскую реформу, на старые полемические против старообрядцев книги и на многое другое. Сначала близкий друг и сотрудник Субботина, потом его разоблачитель и противник, он не мог ужиться ни с ним, ни с другими борцами против "раскола". Все больше и все дальше он расходился с ними. Ему стало душно в этой враждебной компании, к тому же она стала строить ему всякие ковы, и ему угрожала большая опасность: смелых и правдивых людей там, в этой тлетворной среде, не любят и не терпят. И Пафнутий снова возвратился в старообрядческую Церковь. Разумеется, пребывание его в России в то время было немыслимо: он подлежал аресту и гниению где-либо в крепости или в каземате. Он поселился сначала в Мануйловском старообрядческом монастыре (в Молдавии), а потом перебрался в Белокриницкий монастырь, где и прожил почти 25 лет, до самой своей смерти, последовавшей 23 февраля 1907 г. Но даже такой продолжительный срок не мог его исправить от никонианских вывихов и очистить от "православной" проказы. Молиться в церковь он ходил очень редко, постов не соблюдал, ел мясное, несмотря на то, что и в единоверии он был монахом, не соблюдал и других иноческих обетов. Только за два года до смерти остепенился и перестал пользоваться мясной пищей. Перед смертью был принят на покаяние Белокриницким священником Пахомием. Смерть его, однако, по рассказам очевидцев, была мучительной. Как жаль, что такой яркий талант так бесцельно и так бесплодно погиб.