Весна 1096 года принесла гибель и горе многим тысячам евреев в Европе. Крестоносцы свирепствовали с наибольшей силой в немецких городах, расположенных на берегу Рейна. Одной из первых пострадала старая еврейская община в Вормсе. Сотни евреев были тут перерезаны крестоносцами; истекая кровью, они кричали: "Слушай Израиль, Бог наш Един"! Лишь немногие принимали крещение, под страхом смерти. Иные сами лишали себя жизни, чтобы не попасть в руки врагов. Женщины убивали своих любимых детей, боясь, чтобы их не окрестили насильно. Крестоносцы разрушили дома евреев в Вормсе, разграбили их имущество, изорвали и растоптали ногами свитки священных книг, найденные в синагогах (18 мая). Часть еврейских жителей скрывалась в доме вормсского епископа Аллебранда. Епископ не мог или не хотел их защищать и предложил им для собственного спасения принять христианство. Евреи просили, чтобы им дали время на размышление. Перед епископским дворцом расположились крестоносцы, готовясь вести евреев либо в церковь, либо на казнь. Когда данный евреям срок прошел, епископ отворил двери помещения, где скрывались несчастные, и нашел их всех плавающими в луже крови: они сочли за лучшее убить себя, чем отречься от своей веры. Рассвирепевшие крестоносцы надругались над трупами еврейских мучеников и частью перебили, частью насильно окрестили оставшихся в живых вормсских евреев (25 мая). Один юноша, Симха Коген, который лишился в этой резне отца и братьев, решил умереть, отомстив за свою погибшую семью. Когда его поволокли в церковь, он близ алтаря выхватил из-под одежды заранее спрятанный кинжал и заколол им племянника епископа. Симха был тут же разорван на куски разъяренной толпой. Только по уходе крестоносцев из Вормса тела еврейских мучеников были преданы земле. Их было около 800 человек.
В эти же дни другая шайка крестоносцев подошла к Майнцу. Местные евреи укрепились в обширном замке епископа Рутгарда, который за деньги обещал им свою защиту и помощь своей стражи. Когда к замку подошли крестоносцы, евреи взялись за оружие, рассчитывая на помощь епископской стражи; но были горько обмануты. Стража в опасную минуту разбежалась, а сам Рутгард, вследствие трусости или вероломства, удалился, оставив несчастных на произвол их палачей. Видя бесполезность сопротивления, часть евреев сама лишила себя жизни, а прочие приняли смерть от рук крестоносцев. Более человечным оказался епископ города Кельна. Услышав о приближении крестоносцев, он вывел из города многих евреев и дал им приют в принадлежавших ему окрестных местечках и деревнях; оставшиеся в Кельне евреи скрывались в домах своих христианских соседей. Иные таким образом спаслись от смерти, но большинство приютившихся в окрестностях Кельна было истреблено крестоносцами. Везде евреи геройски умирали за свою веру к народность, а те, которые были насильно окрещены, возвращались в иудейство или сами убивали себя, чтобы искупить свое невольное отступничество.
С берегов Рейна шайки крестоносцев двинулись дальше, к берегам Дуная, истребляя по дороге евреев в городах Германии и Богемии. Губя и разрушая все на своем пути, эти шайки сами гибли тысячами от голода и лишений, или истреблялись народами тех стран, где они бесчинствовали. Для похода в Святую Землю составилось новое крестовое ополчение, под предводительством герцога Готфрида Бульонского. После трехлетних бедствий и многих потерь в пути (в Византии), это крестовое ополчение достигло Святой Земли. Иерусалим был взят приступом (15 июля 1099 г.). Перебив там магометан, ожесточенные крестоносцы загнали иерусалимских евреев, как талмудистов, так и караимов, в одну синагогу и подожгли ее. Все евреи погибли в пламени, а имущество их было расхищено. Крестоносцы завоевали часть Палестины и основали там свое Иерусалимское королевство.
Бедствия евреев в Германии вскоре прекратились благодаря заступничеству доброго императора Генриха IV. Не обращая внимания на протесты духовенства и римского папы, император разрешил всем насильно окрещенным евреям вернуться к своей вере. Он наказал также некоторых из духовных и светских сановников, допустивших избиение и ограбление еврейских жителей в своих владениях.