В Северной Италии уже другой император, Фридрих Барбаросса (пр. 1152–1190), твердо решивший присоединить к своим владениям всю Италию, в итоге потерпел поражение, проиграв войскам Ломбардской лиги в битве при Леньяно в 1176 году. Основанная в 1167 году, Лига включала такие города, как Комо, Бергамо, Новара, Верчелли, Милан, Брешия, Алессандрия, Пьяченца, Мантуя, Парма, Реджо, Модена, Феррара, Болонья, Имола, Римини. В 1183 году Барбаросса (что в переводе с итальянского означает «рыжая борода») был вынужден подписать в городе Констанце мир с Ломбардской лигой, в соответствии с которым города сохраняли большинство своих старинных вольностей. Одной из подоплек этого конфликта был очередной папский раскол.
Сын Фридриха Барбароссы император Генрих VI (пр. 1191–1197), в 1186 году женившийся на наследнице сицилийского престола, получил власть над Южной Италией, но, увы, погиб в юном возрасте. Еще одна несбывшаяся надежда, которыми полна история Италии.
Сын Генриха VI и Констанции Сицилийской император Фридрих II, которого современники называли не иначе как «Чудо мира» (Stupor Mundi), был очень разносторонним и одаренным человеком. Вырос он в Южной Италии и сначала стал королем Сицилии (1198), а два года спустя – императором Священной Римской империи (1220). Фридрих хотел сосредоточить имперскую власть в Италии, но был отлучен папой от церкви. В итоге ему пришлось противостоять союзу папы Иннокентия IV и ломбардских городов. На Сицилии, где император проводил бо́льшую часть времени, он жестоко подавил восстание мусульман, поднявшееся еще в 1189 году. Дело в том, что в гористой местности в самом сердце острова мусульмане образовали практически независимое государство, противостоявшее христианам и ожидавшее поддержки со стороны арабских держав. И потом в периоды с 1220 по 1224 год и с 1244 по 1246 год Фридрих в ходе еще двух военных операций уничтожил всех мусульманских мятежников на Сицилии. Другие внутренние враги – например возрожденная в 1226 году Ломбардская лига – воевали с ним с большим успехом, хотя и их армию Фридрих разбил в битве при Кортенуова (1237). Великий поэт Данте превозносил Фридриха, правившего до 1250 года, как последнего истинного императора, потому что никто из последующих правителей больше не короновался в Риме. Во время Шестого крестового похода Фридрих захватил Иерусалим и в 1229 году короновался там.
Покровитель наук и искусств, Фридрих основал в 1224 году университет в Неаполе, который до сих пор носит его имя. Среди его наставников был даже имам, он говорил на шести языках, включая арабский, а при дворе его были арабские, греческие и еврейские ученые. При Фридрихе также расцветала архитектура. Он способствовал внедрению арабской и греческой науки в Италии и по всей Европе, а также развитию народных итальянских наречий и литератур.
Старший сын Фридриха Конрад (пр. 1250–1254) продолжил борьбу с папой римским, однако во время правления его сына Конрадина (1254–1258) власть над Сицилийским королевством фактически находилась в руках его дяди, незаконнорожденного сына Фридриха Манфреда (официально правил 1258–1266). Это обстоятельство сыграло на руку папе Александру IV (1254–1261), который, продолжая начатую при Иннокентии III (1198–1216) политику, объявил об утрате Гогенштауфенами сицилийского престола, который в итоге был предложен папой-французом Урбаном IV (1261–1264) королю Франции Людовику IX. Тот передал его своему брату Карлу Анжуйскому, которого в 1266 году папа Климент IV (1265–1268) объявил королем Сицилии. Карл победил Манфреда при Беневенто в 1266 году (Манфред был убит) и Конрадина в битве при Тальякоццо (1268). Последний законный отпрыск императорского дома Гогенштауфенов был обезглавлен на площади Пьяцца-дель-Меркато в Неаполе и похоронен в церкви Санта-Мария-дель-Кармине. Господство над Южной Италией перешло в руки Анжуйской династии, младшей ветви французской королевской семьи.
Но мы-то знаем, как быстро все меняется в истории средневековой Италии. Вот и новые правители задержались на Сицилии ненадолго. Уже в 1282 году началась так называемая «сицилийская вечерня» – национально-освободительное восстание против обложивших жителей острова тяжелыми налогами представителей Анжуйской династии, на смену которым пришла династия Арагонская, правившая в Восточной Испании. Король Педро III Арагонский стал Педро I Сицилийским. До самой смерти Джованны II Неаполитанской, последней правительницы города из Анжуйской династии, Сицилия и Неаполь оставались разделенными, но в 1435 году под властью Арагона города объединились. В течение XIV столетия и особенно после смерти короля Роберта Мудрого в 1343 году политический раскол и повсеместное беззаконие нанесли серьезный ущерб экономике материковой части Южной Италии. Между тем в ходе ожесточенного военного конфликта арагонцы покорили также и Сардинию, поработив многих уроженцев острова, несмотря на то что те были христианами.