В заключение на кафедру поднялся епископ Оксфордский Сэмюэль Уилберфорс. Уилберфорса (как принято считать) кратко проинструктировал ярый антидарвинист Ричард Оуэн, побывавший у него дома накануне вечером. Как почти всегда бывает в случае бурно заканчивающихся событий, описания того, что именно случилось, сильно расходятся. По наиболее распространенной версии, Уилберфорс по ходу речи, сухо улыбнувшись, обернулся к Гексли и потребовал ответить, по какой линии тот претендует на родство с обезьяной — по линии бабки или по линии деда. Замечание, несомненно, подразумевалось как язвительная насмешка, но было воспринято как холодный вызов. По утверждению самого Гексли, он повернулся к соседу и прошептал: «Сам Господь отдает его в мои руки», а затем, предвкушая удовольствие, поднялся с места.
Правда, были и другие, кто вспоминал, что Гексли дрожал от ярости и негодования. Во всяком случае, Гексли заявил, что скорее претендовал бы на родство с обезьяной, нежели с такими, кто, пользуясь высоким церковным титулом, несет на серьезном научном форуме несусветно безграмотную чушь. Такая отповедь была неслыханной дерзостью и к тому же оскорбляла высокий сан Уилберфорса; заседание завершилось полнейшим хаосом. Некая леди Брюстер упала в обморок. Роберт Фитцрой, бывший компаньоном Дарвина двадцать пять лет назад на «Бигле», воздев к небу руки со Священным Писанием и с криками «Библия, Библия!» метался по залу. (Он должен был в качестве главы недавно созданного Метеорологического департамента представить на конференции доклад об ураганах.) Интересно, что впоследствии каждая из сторон утверждала, что наголову разгромила другую.
В дальнейшем Дарвин недвусмысленно высказался о своем убеждении касательно нашего родства с приматами в опубликованном в 1871 году труде «Происхождение человека». Вывод был смелым, поскольку ничто среди найденных ископаемых останков не подтверждало такую точку зрения. Единственными известными останками древнего человека были кости неандертальца из Германии да несколько сомнительных фрагментов челюстных костей, причем многие пользовавшиеся уважением авторитеты отказывались даже верить в их древность. В общем, книга «Происхождение человека» была более спорной, чем «Происхождение видов», но ко времени ее выхода в свет мир стал менее возбудимым и доводы ученого вызвали значительно меньше волнений.
Однако к концу жизни Дарвин большей частью занимался другими делами, которые, как правило, лишь вскользь касались вопросов естественного отбора. Долгое время он копался в птичьем помете, внимательно разглядывал его содержание, пытаясь понять, каким образом семена разносятся по материкам, и еще много лет изучал поведение червей. В одном из экспериментов он играл для них на пианино — не для их развлечения, а чтобы изучить воздействие на них звука и вибрации. Он первым осознал важнейшее значение червей для плодородия почвы. «Можно не сомневаться, что найдется мало других животных, которые сыграли бы такую важную роль в истории мира», — отмечал он в мастерски написанном труде на эту тему «Формирование перегноя под воздействием червей» (1881), который по существу превзошел по популярности «Происхождение видов». Среди других его книг были «О различных ухищрениях, благодаря которым британские и зарубежные орхидеи опыляются насекомыми» (1862), «Выражения чувств животными и человеком» (1872), которая в первый же день разошлась тиражом почти в 5300 экземпляров, «Результаты перекрестного и самоопыления в царстве растений» (1876) — предмет, невероятно близкий трудам Менделя, но по значению не идущий в сравнение с ними, и «Сила движения в растениях». И, наконец, последнее по счету, но не по значению: он посвятил много усилий изучению последствий инбридинга — вопросу, представлявшему для него личный интерес. Будучи женатым на кузине, Дарвин с грустью догадывался, что причиной отдельных физических и умственных дефектов у его детей было недостаточно разветвленное генеалогическое древо.
За свою жизнь Дарвин часто удостаивался почестей, но ни разу за «Происхождение видов» и «Происхождение человека». Королевское общество присудило ему престижную медаль Копли, но не за эволюционные теории, а за труды в области геологии, зоологии и ботаники, а Линнеевское общество подобным же образом с удовольствием воздавало почести Дарвину, не принимая его радикальные воззрения. Его никогда не возводили в рыцарское достоинство, хотя похоронили в Вестминстерском аббатстве, рядом с Ньютоном. Умер он в Дауне в апреле 1882 года. Мендель скончался двумя годами позже.