Эскадра Ханыкова оставалась в Англии до осени 1796 года. На обратном пути ее в Россию, в Копенгагене, в исходе сентября эскадра получила повеление: «отобрать надежные корабли и возвратиться с ними, смотря по числу их, самому Ханыкову или одному из подчиненных ему флагманов». Во исполнение этого повеления, с контр–адмиралом Макаровым возвратились в Англию пять судов (3 корабля, 1 фрегат и 1 катер), к которым впоследствии присоединились два фрегата, исправлявшиеся в Шотландии. Для практического внутреннего плавания, в 1795 и 1796 годах, в Балтийское море выходило до 20 судов корабельного флота и более 100 гребного; в Черном море плавало малое число судов корабельного, а весь гребной флот ходил в Одессу «для экзерциции» и, главное, для производства строительных работ.
По случаю задержания в Голландии нашего купеческого судна повелено задержать все пришедшие к нашим портам голландские суда. Хотя в следующем году они и были отпущены, но приказано было со всеми приходящими из Голландии судами поступать так, как с французскими.
Для восстановления древнего торгового пути на восток, через Каспийское море, было решено, прежде всего, устроить удобную торговую пристань в южной части моря. С этой целью в 1781 году с отрядом военных судов отправлен был капитан 2–го ранга граф Войнович. Отыскав удобное место в Астрабадском заливе в урочище Городовинском, он, с согласия местного владетеля Аги—Магомет-Хана, построил пристань, несколько домов и для защиты от трухмен все это оградил укреплением и вооружил пушками, взятыми с судов. В это время владетели различных областей Персии, при полном ослаблении высшей власти шаха, враждовали между собой, и Ага—Магомет, воевавший с владетелем Испагани, находил для себя выгодным сближение с могущественной Россией. Поэтому он вначале принял Войновича очень ласково и даже оказывал ему помощь в устройстве поселения; но вскоре, поверив наговорам соседних владетелей, убеждавших его, что русские явились с целью отнять его ханство, Ага—Магомет изменнически захватил Войновича, продержал его две недели в тяжком заключении и выпустил только тогда, когда русские перебрались на свои суда и сняли стоявшие на укреплении орудия. Опасаясь возмездия за свой дерзкий поступок, Ага—Магомет снова переменил свое обращение: извинялся перед Войновичем, приводил разные оправдания и сделался предупредительнее прежнего. Наконец, он упросил Войновича взять его посла, отправляемого в Петербург для засвидетельствования преданности его к России. Осенью следующего года в Астрабадский залив явился с тремя судами капитан–лейтенант Баскаков как для защиты поселенцев и торговых судов, так и для наблюдения, чтобы на Каспийском море не явилось персидских судов. С Баскаковым присланы были Али—Магомету подарки, и отношения его к русским были до того дружественны, что он на свой счет построил в нашем селении несколько домов. Но впоследствии, принимая деятельное участие в междоусобиях, раздирающих Персию, Ага—Магомет, благодаря слабости и взаимной вражде своих противников, сделался почти полновластным властелином Персии и вместе с тем открытым врагом России. Притесняя наших купцов и расположенных к нам владетелей, он вошел в Грузию, находившуюся под покровительством России, и осенью 1795 года, взяв Тифлис, разграбил его и перебил или увел в плен половину населения.
Подобные враждебные действия, происходившие при поощрении Турции, оставаясь безнаказанными, могли иметь гибельные последствия для всего населения Кавказа и заставить владетелей, сочувствующих России, перейти на сторону наших врагов. Ввиду предстоящих военных действий велено было увеличить Каспийскую эскадру, и вновь назначенный начальником ее контр–адмирал Федоров должен был все суда приготовить к началу навигации 1796 года. Новым штатом каспийской флотилии определено иметь при ней, кроме военных, 12 ластовых судов «для перевоза жизненных припасов сухопутным войскам». Для защиты Грузии отправлено два батальона, и сильный отряд, под начальством графа Валериана Зубова, двинулся вдоль западного берега Каспийского моря. В мае месяце (1796 года) был взят Дербент, в июне – Баку и затем все приморские владения до Гиляни подчинились России. Военные действия остановились со смертью Екатерины II, умершей 6 ноября 1796 года.