22 марта 1947 г. Трумэн приказал ФБР расследовать лояльность федеральных служащих, и за последующие четыре года около 200 из них были уволены как представлявшие угрозу безопасности, еще 2000 ушли в отставку. Не только Элджер Хисс, занимавший важный пост в Государственном департаменте, был осужден за то, что якобы передал бывшему советскому агенту секретные правительственные документы, и признан виновным в лжесвидетельстве. За помощь Советскому Союзу в получении информации об атомной бомбе были осуждены и казнены Юлиус и Этель Розенберг.
Паника из-за засилья коммунистов в правительстве усилилась, когда 9 февраля 1950 г. сенатор-республиканец Джозеф Р. Маккарти в своей речи в республиканском женском клубе в отеле «Макклюр» в городке Вилинг заявил, что своими глазами видел список 205 членов Коммунистической партии, работающих в Государственном департаменте. По всей стране газеты подхватили обвинение, обеспечив сенатору всеобщее внимание, которого он так жаждал. Впоследствии, когда было доказано, что его заявление ложно, Маккарти усилил напор, обвинив ряд политических лидеров, включая генерала Джорджа Маршалла, в государственной измене. Как председатель следственного комитета сената, он осыпал вымышленными обвинениями и членов своей партии, и демократов. Расследования, которые он проводил в армии, вынудили сенат 2 декабря 1954 г. 67 голосами против 22 осудить его за «поведение, способное навлечь бесчестие и повредить репутации сената». Он умер в 1957 г., но термин «маккартизм» еще при его жизни стал синонимом демагогии и ложных обвинений.
Из-за пресловутой «красной угрозы» в 1950 г. конгресс проголосовал за Закон Маккарана о внутренней безопасности, а в 1952 г. – за Закон Маккарана – Уолтера об иммиграции и гражданстве, призванный решить проблему коммунистического проникновения в Соединенные Штаты. Оба закона удалось принять, преодолев вето президента Трумэна. Закон о внутренней безопасности обязывал коммунистические организации проходить регистрацию у генерального прокурора и предоставлять списки своих членов и финансовые отчеты, Закон об иммиграции и гражданстве продлевал систему квот по национальному происхождению и предусматривал изоляцию и депортацию иностранцев с неприемлемыми политическими взглядами, особенно из Восточной и Южной Европы. При этом он исправлял допущенную прежде несправедливость, разрешая ежегодный въезд 2000 азиатов.
Холодная война усилилась во второй половине президентского срока Трумэна, когда 25 июня 1950 г. коммунистическая Корейская Народно-Демократическая Республика (Северная Корея) напала на Республику Корея (Южную Корею). В 1910 г. Корею аннексировали японцы, но в 1945 г., после поражения Японии во Второй мировой войне, территория Кореи была разделена на две зоны – советскую и американскую. Территория Кореи севернее 38-й параллели оказалась под контролем советских войск, и на ней было образовано коммунистическое государство. На юге Корейского полуострова в 1948 г. была создана Республика Корея (Южная Корея), признанная Генеральной Ассамблеей ООН и тридцатью другими государствами-членами, включая Соединенные Штаты, после чего американские войска были выведены из страны.
Северная Корея вторглась на территорию своего южного соседа с согласия Советского Союза, ошибочно полагавшего, что Соединенные Штаты не попытаются защитить Южную Корею. ООН осудила вторжение, и Совет безопасности единогласным голосованием принял решение призвать государства-члены прийти на помощь Южной Корее. СССР не смог воспользоваться правом вето, поскольку его представитель покинул Совет безопасности шестью месяцами ранее в знак протеста против того, что место коммунистического Китая было отдано Тайваню. Не обращаясь к конгрессу с просьбой об объявлении войны, как будут поступать и его преемники в ходе последующих военных кризисов, Трумэн санкционировал развертывание американских войск в Корее и направил 7-й флот ВМС США на помощь Тайваню. В то же время ООН передала войска пятнадцати членов Организации Объединенных Наций под командование США во главе с генералом Дугласом Макартуром, который до этого был главнокомандующим союзными оккупационными силами в Японии. Войска отразили коммунистическое вторжение и к 1 октября 1950 г. освободили территории до 38-й параллели.
Затем КНР предупредила, что, если силы ООН пересекут 38-ю параллель, она направит войска на защиту Северной Кореи. На Западе эти угрозы легкомысленно проигнорировали. Генеральная Ассамблея ООН рекомендовала Макартуру занять всю Корею, и он начал массовое вторжение, объявив, что надеется до Рождества закончить войну. Но китайцы, как и обещали, направили около миллиона солдат на спорные территории и оттеснили войска ООН обратно к 38-й параллели. Макартур призвал Трумэна ввести блокаду побережья Китая, помочь Чан Кайши во вторжении на материковую часть и в случае необходимости сбросить на Китай атомные бомбы.