Хотя основатели создали систему правления, в которой Законодательное собрание являлось центральным органом и было наделено реальными полномочиями для управления страной, президент Джефферсон пытался управлять конгрессом, поощряя некоторых членов палаты представителей и сената выступать в качестве выразителей мнения администрации. Обычно он воздействовал на них через председателей влиятельных комитетов, таких как Бюджетный комитет палаты представителей. Как и другие президенты, он обращался к конгрессу с ежегодным посланием, но также действовал тайно, давая обеды, на которых пытался заручиться поддержкой для прохождения своих предложений. Джон Рэндольф с Роанока, который изначально поддерживал Джефферсона, позже осудил эту практику. Он раскрыл «подковерное влияние тех, кто приносит в эту палату [представителей] послания, которые не отражаются в протоколах заседаний, но влияют на решения». Услышав об этом выпаде, Джефферсон заявил: «В то время, когда этот болтун сам был, по его словам, «подковерным человеком», мы об этом не слышали». Но президенту обычно удавалось навязывать свою волю конгрессу. Как отмечал Джозайя Куинси, федералист от штата Массачусетс, «все важные политические вопросы решаются где угодно», только не в залах конгресса.
Так начиналось противостояние, которое проходит через всю историю США: постоянная борьба между исполнительной и законодательной властью за политический контроль. За истекшие два столетия президенты нередко начинали боевые действия, не дожидаясь объявления войны конгрессом. Случалось, они в обход конгресса прибегали к государственным средствам для решения таких экономических проблем, как паника на рынке и депрессия. Маятник управления национальной политикой откланялся то в одну, то в другую сторону, но почти весь XIX в. контроль оставался за конгрессом, за исключением периода президентства Эндрю Джексона и Авраама Линкольна, заставлявших конгресс и сенат двигаться в том направлении, в котором хотели вести страну. В XX в. роли поменялись, и уже многим президентам удавалось контролировать законодательную власть.
Одним из первых примеров самостоятельных действий президента стало решение Джефферсона прекратить практику подкупа североафриканских государств Магриба (независимого султаната Марокко и трех вассалов Османской империи – Алжира, Туниса и Триполитании), которые захватывали американские торговые корабли в Средиземном море и удерживали моряков с целью получения выкупа. Президент отказался платить, и паша Триполитании ответил объявлением войны, приказав срубить в посольстве флагшток с американским флагом. Известие было получено между заседаниями конгресса, и Джефферсон сам направил в район военных действий эскадру, не созывая специальную сессию законодательного органа. Когда же конгресс вернулся к работе, президент не стал обращаться к нему с запросом об объявлении войны, и со стороны конгресса не последовало возражений. Напротив, конгресс поднял налоги на импорт для оплаты военных расходов. Военные действия продолжались с перерывами несколько лет, затем паша запросил мира, и за освобождение американских пленных был выплачен выкуп в 60 тысяч долларов. Впрочем, выплаты другим берберийским государствам продолжались до 1816 г.
Это самовольное объявление войны без одобрения конгресса стало прологом дальнейшего расширения полномочий президента. Когда испанцы закрыли Новый Орлеан для американских торговцев, а Наполеон, мечтавший возродить французскую империю в Северной Америке, вынудил их в октябре 1800 г. по договору в Сан-Ильдефонсо вернуть Луизиану Франции, Джефферсон счел это угрозой безопасности Соединенных Штатов. «На земном шаре есть одно место, владетель которого – наш исконный враг, – сказал он. – Это Новый Орлеан». И в тот день, когда Франция вступит во владение Новым Орлеаном, продолжал он, «нам придется пойти под венец с британским флотом и государством».