В ночь на 20 мая на корабли под огнем минометов и пулеметов погрузились последние подразделения, прикрывавшие эвакуацию остатков войск Крымского фронта на Таманский полуостров. Директивой Ставки Крымский фронт и северо-кавказское направление ликвидированы. Остатки войск направлялись на формирование нового Северо-Кавказского фронта. Его командующим был назначен маршал С.М. Буденный.
Уже 4 июня 1942 г. за подписями И.В. Сталина и А.М. Василевского вышла директива Ставки ВГК № 155452, озаглавленная «О причинах поражения Крымского фронта в Керченской операции». В ней указывалось на «непонимание природы современной войны» командованием Крымского фронта и его армиями и выдвигались обвинения в «бюрократическом и бумажном методе руководства». В директиве Ставки также были озвучены наказания для тех людей, которые «опозорили страну и должны быть прокляты». Представитель Ставки ВГК армейский комиссар 1–го ранга Л.З. Мехлис был снят с постов замнаркома обороны и начальника Главного политуправления Красной Армии и понижен в звании до корпусного комиссара. Сразу после катастрофы в Крыму он стал членом Военного совета 6–й армии, впоследствии был членом Военного совета Воронежского, Волховского и ряда других фронтов. Участвовал в оборонительных боях летом и осенью 1942 г., в прорыве блокады Ленинграда и сражении на Курской дуге. Генерал-лейтенант Д.Т. Козлов был снят с поста командующего фронтом и понижен в звании до генерал-майора. Дивизионный комиссар Ф.А. Шаманин снят с поста члена Военного совета фронта и понижен в звании до бригадного комиссара. Генерал-майор П.П. Вечный снят с должности начальника штаба фронта (единственный, кто расстался со своей должностью без понижения в звании). Генерал-лейтенант С.И. Черняк и генерал-майор К.С. Колганов были сняты с постов командующих уже не существующими армиями и понижены в звании до полковников. С.И. Черняк вернул себе звание 3 июля 1944 и до конца войны не поднимался выше командира дивизии. К.С. Колганов осенью 1943 г. стал генерал-лейтенантом и до конца войны командовал стрелковым корпусом. Генерал-майор Е.М. Николаенко был снят с поста командующего ВВС фронта и понижен в звании до полковника.
Керченская оборонительная операция мая 1942 г. — это хороший пример сражения, в котором промедление оказывалось «смерти подобно». Асимметричное построение войск способствовало успеху той стороны, которая делает первый ход. Общая обстановка (прибытие трех свежих соединений) благоприятствовало первому ходу Манштейна. Огромное преимущество давало немецкому командованию наличие эффективного эшелона развития успеха в лице танковой дивизии.
Вместе с тем катастрофу нельзя считать неизбежной. В специфических условиях удержания узкого фронта, который невозможно было обойти, Крымский фронт мог длительное время удерживать Парпачский перешеек и не позволять противнику выйти на оперативный простор своими подвижными соединениями. Сил для выполнения этой задачи у него было более чем достаточно. Однако у командования Крымского фронта был скудный выбор. С одной стороны, переход к обороне гарантировал устойчивость положения войск. С другой стороны, переход к пассивному ожиданию мог привести к смене целей немецкого командования в Крыму и изменению последовательности выполнения задач по очистке полуострова от советских войск. Первой целью наступления мог стать Севастополь. Затем высвободившиеся под Севастополем соединения рокируются на Керченский полуостров, и катастрофа повторяется по схожему с реальными событиями сценарию. В сущности советские и немецкие войска в первый год войны находились в неравных условиях: у немцев был ключик к преодолению позиционного кризиса в лице тактики штурмовых групп. Красная Армия только училась новым технологиям ведения войны. Поэтому Парпачский перешеек мог быть пройден только в одну сторону, с запада на восток. Наступление Крымского фронта 11–я армия могла остановить и остановила в феврале-марте 1942 г. Наступление крупных сил немецкой пехоты при поддержке авиации, танков и штурмовых орудий было очень трудно остановить даже плотно построенными войсками.