Эти добрые отношения стали расстраиваться с половины XV в. Новые титулованные бояре шли в Москву не за новыми служебными выгодами, а большей частью с горьким чувством сожаления об утраченных выгодах удельной самостоятельности. Интересы и чувства обеих сторон разошлись далеко, хотя шли из одного источника. Политические обстоятельства, с одной стороны, поставили московского князя на высоту национального государя с широкой властью, с другой – навязали ему правительственный класс с широкими политическими притязаниями и стеснительной для верховной власти сословной организацией. Таким образом, одни и те же исторические обстоятельства разрушили единство интересов между обеими политическими силами, а разъединение интересов расстроило гармонию их взаимных отношений. Отсюда и вышел ряд столкновений между московским государем и его боярами. Эти столкновения с особенной силой обнаруживались два раза, и каждый раз по одинаковому поводу – по вопросу о престолонаследии. Иоанн III, как мы знаем, сперва назначил своим наследником внука Димитрия, венчал его на великое княжение, а потом развенчал, назначив преемником сына своего от второй жены Василия. Боярство в этом семейном столкновении стало за внука и противодействовало сыну из нелюбви к его матери и принесенным ею византийским политическим понятиям и внушениям. Столкновение доходило до сильного раздражения с обеих сторон, вызвало ссоры при дворе, резкие выходки со стороны бояр, кажется, даже крамолу, заговор, по крайней мере, сын Василия царь Иоанн после жаловался, что бояре на его отца вместе с племянником последнего Димитрием «многие пагубные смерти умышляли», даже самому государю деду «многия поносные и укоризненные слова говорили». Но как и из-за чего шло дело и в чем состояла боярская крамола, это остается неясным; только через год (1499 г.) после венчания Димитрия пострадали знатнейшие московские бояре за свое противодействие Василию: князю Семену Ряполовскому-Стародубскому отрубили голову, а его друзей князя Ивана Патрикеева с сыном Василием, знаменитым впоследствии старцем Вассианом Косым, насильно постригли в монашество. Та же глухая вражда продолжалась и при Иоанновом преемнике Василии. Этот великий князь с недоверием относился к боярам, как государь, которого они не хотели видеть на престоле. И на этот раз вражда обнаружилась лишь в опалах, постигших некоторых знатных людей. Так Берсению Беклемишеву отрезали язык за непригожие речи о великом князе и его матери. Но с особенной силой вражда возобновилась в царствование Грозного, и опять по тому же поводу – по вопросу о престолонаследии. В 1553 г., вскоре после завоевания Казанского царства, Иоанн опасно занемог и велел боярам присягнуть новорожденному своему сыну царевичу Димитрию. Многие первостепенные бояре отказались от присяги или принесли ее неохотно, говоря, что не хотят служить «малому мимо старого», т. е. хотят служить двоюродному брату царя, удельному князю Владимиру Андреевичу Старицкому. Пробужденное этим столкновением раздражение царя против бояр через несколько лет произвело полный разрыв между обеими сторонами, сопровождавшийся жестокими опалами и казнями, которым подверглось боярство.