Вскоре после этого Цонкапа ушёл в свой первый главный тантрический ретрит Чакрасамвары в соответствии с линией передачи учений кагью. В течение этого ретрита он усердно медитировал на шести учениях Наропы и шести учениях Нигумы (
После этого в возрасте тридцати четырёх лет Цонкапа решил заняться интенсивным изучением и практикой всех четырёх классов тантры. Позднее он писал, что никто не может по-настоящему оценить глубину ануттарайога-тантры, не практиковав и глубоко не исследовав три низших класса тантры. Таким образом, он вновь много путешествовал и получил много посвящений в три низших класса тантры и много учений о них. Он также продолжал изучение пятиэтапной завершённой стадии (
Обучение и ретриты для обретения неконцептуального познания пустотности
Цонкапа также отправился изучать практику Манджушри Дхармачакры (
Вместе с Ламой Умапой Цонкапа сделал обширный ретрит по практике Манджушри. С этого времени Цонкапа в чистых видениях получал от Манджушри прямые указания и ответы на все свои вопросы. До этого ему приходилось задавать вопросы Манджушри через Ламу Умапу.
В течение ретрита Цонкапа чувствовал, что всё ещё не имеет надлежащего понимания мадхьямаки и Гухьясамаджи. Манджушри посоветовал ему совершить длительный ретрит для того, чтобы понять замечания, которые он делал к указаниям Манджушри. Таким образом, после кратковременного обучения Цонкапа вместе с восьмью ближайшими учениками ушёл в четырёхлетнее затворничество в Олкха Чолунг (
После ретрита Цонкапа и его ученики восстановили большую статую Майтрейи в Лхасе. Это было первое из четырёх его главных деяний. Затем они ушли в ретрит ещё на пять месяцев. После этого Цонкапу пригласил ньингмапинский лама Лхадраг Намка Гьялцен (Гьелцен,
Цонкапа хотел отправиться в Индию для дальнейшего обучения, но Ваджрапани посоветовал ему остаться в Тибете, сказав, что там он принесёт больше пользы. Таким образом, он остался. Он решил, что позже напишет «
Затем Цонкапа сделал обширный ретрит по завершённой стадии Калачакры и после этого однолетний ретрит по мадхьямаке. Цонкапа никогда не чувствовал себя полностью удовлетворённым объяснениями, несмотря на то, что от своих учителей он многое узнал о мадхьямаке и пустотности. Перед тем как Цонкапа начал этот однолетний ретрит, Манджушри посоветовал ему полагаться на комментарий по мадхьямаке Буддхапалиты (
Опираясь на своё постижение, Цонкапа полностью пересмотрел понимание учения мадхьямаки-прасангики о пустотности и смежных разделах, которого придерживались учителя и учёные мастера его времени. В этом он был радикальным реформатором, обладавшим мужеством выйти за рамки текущих верований, в том случае, если он находил их ошибочными.
В своих реформах Цонкапа всегда строго придерживался логических и текстуальных оснований. Когда он обрёл собственное глубокое понимание значения великих индийских текстов, он не нарушил своих обязательств и близких отношений со своими учителями. Мы можем считать наших духовных учителей буддами, но превзойти их в постижениях. Ценшаб Серконг Ринпоче II объяснил это на следующем примере.