Вблизи места аварии соорудили укрепленный лагерь с полевой артиллерией и орудиями, снятыми с корабля, крейсера охраняли подходы с моря, миноносцы держались в дозоре у выхода. Не раз ложные тревоги заставляли спасателей свертывать работы и уводить баржи и понтоны из залива, а крейсера – выходить в море навстречу ожидаемому противнику. Но и японцам, подавленным катастрофой 1 мая под Порт-Артуром, где на минах один за другим погибли два их броненосца, было не до “Богатыря”, который к тому же, как они знали через свою обширную агентуру во Владивостоке, находился почти в безнадежном состоянии. Наконец, в разгаре были массовые перевозки второй японской армии в Корею. Эти обстоятельства вместе с прибытием во Владивосток (путь в Порт-Артур уже был отрезан) нового командующего флотом вице-адмирала Н.И. Скрыдлова и “командующего 1-й эскадрой (2-я формировалась на Балтике) флота Тихого океана вице-адмирала П.А. Безобразова заставили русские крейсера оставить охрану “Богатыря” и вернуться к активным действиям на морских путях сообщений.
31 мая 1904 г. три крейсера под командованием П.А. Безобразова (К.П. Иессеи поднял свой (флаг на оставшемся во Владивостоке “Богатыре”) вышли из Владивостока. Днем 1 июня миновали о. Дажелет и скалы Лианкур, утром 2 июня были у о. Окиносима, находившегося на полпути между о-вами Цусима (база эскадры Камимуры) и входом в Симоносекский пролив, ведущий во внутреннее Японское море. Здесь на главном пути японских воинских перевозок были обнаружены сразу несколько японских судов, бросившихся врассыпную. В 8 ч утра сквозь мглу и дождь заметили на горизонте дозорный крейсер японцев “Цусима”. Русские радисты умело поставили помехи в радиопереговоры японцев, и передачу донесения Камимуре удалось надолго задержать.
Упорно пытавшийся уйти от “Громобоя” к берегу войсковой транспорт “Идзумо мару” остановился лишь после интенсивного обстрела. С него успели снять около 100 человек, транспорт затонул. Погоня за другим транспортом из-за нерешительной стрельбы вдогонку (“через час по чайной ложке” – каждый выстрел с разрешения адмирала) затянулась, и преследовавшие его “Россия” и “Рюрик”, боясь разлучиться с “Громобоем”, который уже потеряли из виду, вернулись к входу в Симоносекский пролив. Оттуда направлялись на запад два транспорта. Четырехмачтовый “Хитаци мару”, английский капитан которого пытался таранить “Громобой”, был охвачен пожаром от огня крейсера, но не останавливался. Его расстреляли в упор и добили торпедой. На нем находилось свыше 1000 солдат и офицеров, принадлежащих, как выяснилось много позднее, к составу гвардейского резервного корпуса, и восемнадцать 280-мм гаубиц, предназначавшихся для осады Порт-Артура.
На втором транспорте “Садо-мару”, искусственно создав панику, при полной дезорганизации спасения людей команда пыталась выиграть время до подхода помощи (офицеры-самураи удалились в трюм на прощальное пиршество). Убедившись в нежелании солдат спасаться на шлюпках (некоторые так и остались неспущенными), адмирал приказал потопить транспорт торпедами с крейсера “Рюрик”. Не ожидая гибели транспорта, пораженного двумя взрывами (один с левого борта, другой с правого), наши корабли стали отходить. Спешившая на выручку своих от о-вов Цусима эскадра Камимуры прошла от концевого “Рюрика” не более чем в 10 милях, но не сумела обнаружить русских, отходивших на север вдоль японского побережья. Камимура, уклоняясь в сторону, пошел к о Дажелет, а затем на Гензан.
Утром 3 июня, когда японская эскадра подходила к Дажелету, наш отряд вблизи о-вов Оки задержал и с призовой командой отправил во Владивосток английский пароход “Аллантон”. Дойдя до Сангарского пролива и отпустив по пути после досмотра ряд не вызывавших подозрений мелких судов (на одну из шхун пересадили людей, подобранных с потопленных судов “Громобоем”), повернули во Владивосток, куда прибыли 7 июня. На следующий день, ведя с собой захваченную шхуну, вернулись из набеговой операции на Хоккайдо миноносцы № 203, 205, 206. “Богатырь”, снятый с камней, находился уже в доке.
Тревожное положение под Порт-Артуром не позволило крейсерам в полной мере выполнить крайне необходимые профилактические и ремонтные работы. Поражение корпуса генерала барона Г.К. Штакельберга под Вафангоу лишило манчжурскую армию возможности деблокировать Порт-Артур. Усугубилось в осажденной крепости и положение эскадры, вынужденной отдавать свои людские и материальные ресурсы на сухопутный фронт и обрекавшей себя на гибель под огнем осадной артиллерии. Предпринятая 10 июня попытка эскадры вырваться из Порт-Артура (о результатах встречи с японским флотом не было известий несколько дней) потребовала активизации действий и от владивостокских крейсеров. Передышка была недолгой.