Наступали суровые дни боев с поднявшейся против власти Советов внутренней контрреволюцией и иностранной военной интервенцией. Уже 26 октября (8 ноября) с согласия командующего флотом на Дон ушел первый отряд моряков-черноморцев для подавления мятежа Каледина. Опасными были и притязания обосновавшейся в Киеве буржуазной центральной украинской рады. Видя, какой мощной опорой советской власти стали на севере балтийцы, рада вознамерилась захватить и удержать власть на юге с помощью такой же могучей силы — Черноморского флота.
Попытки „украинизации” флота были предприняты еще летом 1917 г., когда построенный в Николаеве новый линкор „Воля” под влиянием агитации сепаратистов поднял украинский флаг. Командующий флотом В. К. Лукин потребовал тогда, чтобы корабль прибыл в Севастополь под андреевским флагом; офицеры корабля отказались вести линкор под украинским флагом, а „украинского” командира у националистов не оказалось. Эта затея сепаратистов провалилась, но их раскольническая деятельность не прекращалась.
В октябре 1917 г. в Севастополь прибыл „украинский” комиссар флота капитан 2 ранга Акимов, вывесивший над своей резиденцией флаг Центральной рады. Украинский войсковой комитет прямо агитировал за полную „украинизацию” Черноморского флота и передачу его Украине на правах собственности. Этой пропаганде в ноябре поддались экипажи крейсера „Память Меркурия” и миноносца „Заветный”. В ответ на решение большинства команды крейсера вместо андреевского поднять 12 ноября флаг Украины „великороссы и несочувствующие подъему украинского флага” решили покинуть изменявший России корабль. Судовой комитет просил Исполком Совета назначить на крейсер матросов-украинцев взамен ушедших, но Совет и Центрофлот отвергли эти домогательства. В конце концов флаг националистов на „Памяти Меркурия” был спущен.
Очаковцы ни на какие провокации не поддались: с 16 декабря 1917 г. крейсер решительно перешел на сторону советской власти.
В телеграмме, адресованной 2 февраля 1918 г. в Петроград — Совету Народных Комиссаров, а также в Харьков, Киев и „всем, всем, всем”, председатель Севастопольского Совета Н. А. Пожаров и председатель Центрофлота С. И. Романовский сообщали, что Черноморский флот признает как единственную выразительницу воли трудового народа только одну центральную власть Республики Советов в лице Совета Народных Комиссаров, на Украине же — только власть трудового народа в лице Харьковского всеукраинского исполнительного комитета, выделенного из съезда Советов рабочих, солдатских и крестьянских депутатов Украины. Разоблачая киевскую раду как пособника казачьих и татарских контрреволюционных верхов и считая ее опаснейшим органом контрреволюции, черноморцы отвечали, что „все ее приказы и предписания” они не признают и признавать не будут. От рады отмежевались и украинские экипажи кораблей, вместе со всем флотом принявшие участие в подавлении контрреволюции на Дону, на Украине и в Крыму.
Против советской власти выступили и татарские националисты, созвавшие 10 декабря 1917 г. в Бахчисарае крымско-татарский курултай и обнародовавшие свои „крымско-татарские законы”. Создав собственную армию и угрожая Черноморскому флоту, не имевшему сухопутных войск и ослабленному отправкой из своего состава боевых отрядов на борьбу с контрреволюцией, они пытались взять под контроль приморские города Крыма и 21 декабря разоружили солдат береговой батареи в Евпатории. Только отправка боевых кораблей, включая и „Память Меркурия”, в Евпаторию, Ялту и Феодосию отрезвила новоявленных претендентов на ханский престол. В боях под Симферополем матросские отряды при поддержке импровизированных бронепоездов разгромили войска татарского диктатора Джафер Сейдамета и примкнувших к нему контрреволюционных русских офицеров. Советская власть в Крыму была восстановлена.
Во всех этих боях активно участвовали сошедшие на берег „очаковцы”. Крейсер выделил большую группу матросов для формирования экипажа бронепоезда „Свобода или смерть” под командованием большевика с 1912 г. прославившегося в гражданской войне матроса А. В. Полупанова.
Большую роль в организации отпора контрреволюции в Севастополе и формировании матросских отрядов сыграл товарищ (заместитель) председателя Исполкома Севастопольского Совета старший гальванер „Очакова” Д. Н. Дымнич. Многие „очаковцы” в составе этих отрядов обороняли Крым, ликвидировали на румынском фронте мятеж бывшего командующего этим фронтом генерала Щербачева, громили вторгшиеся на нашу землю войска боярской Румынии.
Горячо приветствовали „очаковцы” ленинские декреты о демократизации флота (отмена оставшихся от царизма чинов и орденов), о создании нового Рабоче-Крестьянского Красного флота, о комплектации его на добровольных началах. К началу февраля 1918 г. крейсер сохранил ядро своего экипажа, его командный состав был полностью выборным. Командовал кораблем В. М. Терентьев, который до этого был начальником 2-го дивизиона бригады подводных лодок, а с сентября 1916 г. — командиром эсминца „Лейтенант Шестаков”.