Позднее Шмидт объяснял свой уход из ВМФ тем, что хотел быть «в рядах пролетариата». [1]Но современники свидетельствовали, что военную службу он изначально не любил, а без моря и кораблей не мог жить. Вскоре, из-за безденежья, благодаря протекции высокопоставленного дяди, Шмидт возвращается на военно-морской флот. Мичмана Шмидта направляют на крейсер «Рюрик». По случайному стечению обстоятельств, именно на этом крейсере в 1906 году эсеры готовили убийство Николая II. На «Рюрике» Шмидт задержался недолго, и вскоре получил назначение на канонерскую лодку «Бобр». Жена всюду следовала за ним. В это время, все больше проявляются психопатические черты характера Шмидта, его болезненное самолюбие, граничащее с неадекватностью реакций. Так, в городе Нагасаки, где «Бобр» имел один из своих стационаров, семья Шмидтов снимала квартиру у одного богатого японца. Как-то раз между японцем и женой Шмидта произошел спор по вопросу условий найма квартиры, в результате которого японец сказал ей несколько резких слов. Она пожаловалась мужу, и тот потребовал от японца извинений, а когда последний отказался их приносить, отправился в русское консульство в Нагасаки и, добившись аудиенции у консула В. Я. Костылева, потребовал уже от него принятия немедленных мер для наказания японца. Костылев сказал Шмидту, что он этого сделать не может, что он направил все материалы дела в японский суд для принятия решения. Тогда Шмидт начал кричать, что велит матросам изловить японца и выпороть его, или сам убьет его на улице из револьвера. «Мичман Шмидт, — писал консул командиру «Бобра», — вел себя в присутствии служащих консульства неприлично».
Командир «Бобра» решил подвергнуть Шмидта обследованию медицинской комиссии, которая пришла к выводу, что Шмидт страдает тяжелой формой неврастении в совокупности с эпилептическими припадками. В 1897 году, тем не менее, ему было присвоено очередное звание лейтенанта. Со слов жены в 1899 году психическое состояние Шмидта настолько ухудшилось, что она поместила его в московскую психиатрическую лечебницу Савей-Могилевского, выйдя из которой Шмидт вышел в отставку и устроился на коммерческий флот. При выходе в отставку, как это полагалось в русской армии, Шмидту было присвоено звание капитана II-го ранга.
Началось плавание Шмидта на коммерческих судах. Капитаном, скорее всего, Шмидт был хорошим, так как известно, что адмирал С. О. Макаров предполагал взять его в свою экспедицию к Северному полюсу. Морское дело он страстно любил и знал. В то же время, болезненное самолюбие и амбициозность все время в нем присутствовали. «Да будет вам известно, — писал он своей знакомой, — что я пользуюсь репутацией лучшего капитана и опытного моряка». [2]
С началом русско-японской войны, Шмидт был призван на воинскую службу и назначен старшим офицером на большой угольный транспорт «Иртыш», который должен был следовать вместе с эскадрой адмирала Рожественнского. За неумелое управление судном Рожественнский посадил Шмидта на 15 суток в каюту под ружье. Вскоре эскадра вышла в направлении Дальнего Востока навстречу Цусиме. Но Шмидт заболел и остался в России. Среди офицеров Шмидта недолюбливали, считали либералом.
Однако либеральные воззрения еще не означали того, что Шмидт был готов на участие в антигосударственном мятеже. То, что все-таки это произошло, свидетельствует о том, что Шмидт каким-то образом, еще до событий на «Очакове», связался с революционным подпольем.
Сам Шмидт, хотя и туманно, говорил об этом на следствии: «Меня нельзя рассматривать отдельно от движения, участником которого я был». [3]Во время самого восстания на крейсере «Очаков» он заявил: «Революционной деятельностью я занимаюсь давно: когда мне было 16 лет у меня уже была своя тайная типография. Ни к какой партии я не принадлежу. Здесь, в Севастополе, собраны лучшие революционные силы. Меня поддерживает весь свет: Морозов жертвует на наше дело целые миллионы». [4]
Хотя из этих путанных слов Шмидта трудно выяснить, где в них правда, а где желаемое выдается за действительное, но тот факт, что его поддерживали революционные организации Севастополя, что о его существовании знал сам Ленин, что Шмидт знал о «морозовских миллионах», говорит о том, что за спиной Шмидта, действительно, стояли реальные организации. Поэтому, думается, что не случайно Шмидт оказался на мятежном крейсере «Очаков».
В ноябре 1905 года, когда в Севастополе начались мятежи, Шмидт принял в них живейшее участие. Он сошелся с социал-демократами, выступал на митингах. Это участие Шмидта в революционных собраниях весьма негативно сказалось и на без того болезненном состоянии его психики. Он стал требовать от жены, чтобы она принимала участие в революционных сборищах, помогала ему в его новой революционной деятельности. Когда же жена отказалась, Шмидт оставил ее. Увидеться им было больше не суждено. Через несколько дней Шмидт примкнул к восстанию на крейсере «Очаков».