Во время стоянки на Мадейре был получен приказ о возвращении кораблей в Россию. 5 февраля отряд покинул гостеприимный остров, взяв курс на Виго, куда прибыл спустя три дня, встретив по пути «весьма свежую погоду». Здесь, в связи с необходимостью проведения многочисленных ремонтных работ, пришлось простоять около трёх недель, в течение которых проводились частые учения и даже гонки под парусами, каждый раз привлекавшие внимание иностранцев чёткостью шлюпочных маневров.
28 февраля Балтийский отряд вышел в Портсмут, стоянка в котором продолжалась четыре дня, а 11 марта, преодолев ледяные поля в Большом Бельте, благополучно достиг Киля. В отличие от остальных заграничных портов пребывание здесь не доставило удовольствия экипажам кораблей - за внешней предупредительностью хозяев проглядывала подчёркнутая недоброжелательность к русским, что объяснялось ухудшением в то время дипломатических отношений России и Германии. Однако случаев проявления открытой враждебности зафиксировано не было. Достаточно корректным было и поведение наших моряков, не дававших повода для всякого рода инцидентов.
Последний этап похода был осуществлён так же без происшествий и утром 11 марта крейсер «Адмирал Макаров» бросил якорь в аванпорте Либавы. Долгий заграничный вояж, давший экипажу «опытность и тот вид, который достигается лишь в продолжительном плавании при упорной работе», благополучно завершился.
Послепоходовый ремонт корабля в Порту императора Александра III продлился до 1 мая, когда крейсер в составе эскадры Балтийского моря под командованием И.О. Эссена вышел во внутреннее плавание по Балтийскому морю, сопровождавшееся выполнением обширной программы учений, стрельб и эволюции. Неделю спустя эскадра пришла в Кронштадт, а 11 мая в командование кораблем вновь вступил возвратившийся из госпиталя В.Ф. Пономарев. Прибытие прежнего командира совпало с известием о назначении крейсера конвоиром императорской яхты «Штандарт», на которой российский самодержец намеревался совершить плавание во Францию и Англию - в Европе всё указывало на приближение большой войны, что вынуждало Николая II путём личных встреч выяснять позиции как союзников, так и вероятных противников. Впрочем офицеры, а тем более нижние чины «Адмирала Макарова» вряд ли всерьез задумывались над политической подоплекой высочайшего вояжа. В конце мая корабль ввели в среднюю гавань Кронштадта, где начались уже ставшие привычными приготовления к походу - экипаж крейсера изо всех сил старался «представиться Государю в самом блестящем виде».[12
Крейсер «Адмирал Макаров». - Кронштадт: Типография т-ва «Кронштадтский Вестник» (И.Я. Лебедев и И.Л. Деморейх), 1912. с. 31.]Работы продолжались почти полтора месяца. 11 июля в 8 час. 30 мин. вечера крейсер вышел из гавани на Большой Кронштадский рейд, ожидая остальной отряд, включавший помимо яхт «Штандарт» и «Полярная звезда» новейший броненосный крейсер «Рюрик» и эскадренные миноносцы «Эмир Бухарский» и «Москвитянин». В 9 час. 40 мин. вечера «Адмирал Макаров» вступил в кильватер «Полярной звезде» и корабли, лидируемые «Рюриком», развив ход в 17 узлов, вышли по назначению.
Ранним утром 14 июля отряд достиг германского порта Эккенферде, где встал на якорь, готовясь к проходу Кильским каналом. При этом «Рюрику», вследствие его солидных габаритов и отсутствия опыта проводки узкостью столь крупных единиц, приказано было отделиться и самостоятельно следовать Балтийскими проливами и Северным морем к устью реки Эльба. Плавание каналом началось утром 16 июля. Первыми с якорей снялись оба эсминца, вслед за которыми малым ходом двинулся «Адмирал Макаров», а спустя примерно час и обе яхты. Проход каналом не вызвал каких-либо затруднений (за исключением крейсера, которому при приближении к мостам приходилось спускать стеньгу) и к четырём часам пополудни корабли поочередно достигли намеченной точки рандеву, встав на якоря возле ожидавшего их «Рюрика».