1998 г. — В Екатерининском приделе Петропавловского собора состоялось погребение останков императора Николая II, императрицы Александры Федоровны, великих княжон Ольги, Татьяны, Анастасии, лейб-медика и трех придворных служителей.
1999 г. — На Государевом бастионе установлены артиллерийские орудия XVIII–XX веков, воссозданы мостки «для прохода часовых».
2001 г. — На нижнем ярусе колокольни Петропавловского собора установлен новый фламандский карильон.
27 мая 2003 г. — На Государевом бастионе торжественно открыт памятный знак «Трехсотлетию Санкт-Петербурга». Открыта экспозиция «История Санкт-Петербурга. 1830–1918» в Комендантском доме.
28 сентября 2006 г. — В Петропавловском соборе перезахоронена супруга императора Александра III императрица Мария Федоровна (в девичестве принцесса датская Дагмар).
Декабрь 2008 г. — Открыта новая экспозиция в тюрьме Трубецкого бастиона
2009 г. — В Петропавловской крепости на время летнего туристического сезона введена церемония торжественного развода караула в Нарышкином бастионе.
Фортификация
Цитадель в форме шестиконечной звезды, повторяющей в плане очертания Заячьего острова, сооружалась по проекту, составленному при участии Петра I и французского инженера Ж.-Г. Ламбера. Шесть мощных бастионов (пятиугольных фортификационных сооружений) выдвинуты перед основным фронтом обороны крепости для ведения фронтального и фланкирующего огня. Пять из них названы именами сподвижников Петра Великого: А.Д. Меншикова, Г.И. Головкина, К.А. Нарышкина, Ю.Ю. Трубецкого и Н.М. Зотова. Юго-западный бастион в честь основателя Санкт-Петербурга назван Государевым. Часть бастионов усилена орильонами (закругленными выступами, позволяющими вести стрельбу вдоль фланка), под защитой которых располагались сквозные казематы — сортии, предназначенные для потайных вылазок. В толще стен Государева и Трубецкого бастионов были устроены тайные ходы для безопасного сообщения между казематами — потерны.
Бастионы соединены шестью куртинами — Васильевской, Екатерининской, Кронверкской, Невской, Никольской и Петровской. Первоначально деревоземляные, в 1710—1720-х годах они были перестроены в камне. Каждая куртина состоит из двух стен, высота которых 9—12 м. Внутренние стены куртин имеют толщину до 2 м. Толщина внешних стен варьируется от 3 до 8 м. В XVIII веке промежуток между стенами куртин отводился под двухъярусные казематы, которые были приспособлены под казармы крепостного гарнизона, склады, тюремные камеры. В конце XIX века казематы нижнего яруса пяти куртин были засыпаны. Сохранившиеся в Никольской куртине казематы представляют уникальный образец двухъярусных крепостных помещений.
Оборонительную систему крепости с запада и востока замыкают наружные вспомогательные фортификационные постройки — Иоанновский и Алексеевский равелины. Два моста — Иоанновский и Кронверкский — соединяют Заячий остров с Петроградским островом. В крепость ведут пять ворот — Петровские, Иоанновские, Невские, Васильевские и Кронверкские. Старейшие из них Петровские ворота. Их наружный фасад оформлен в 1708 году по проекту архитектора Д. Трезини в стиле барокко. Фронтон ворот венчала двухметровая статуя апостола Петра, поэтому их стали называть Петровскими. В нишах помещены статуи, созданные французским скульптором Н. Пино: Благоразумие и Храбрость. Аттик декорирован резьбой, выполненной немецким мастером К. Оснером: барельефом «Низвержение Симона-волхва апостолом Петром» и горельефом с изображением благословляющего бога Саваофа. В 1720 году над аркой установлен герб Российского государства — двуглавый орел.
Идейный и композиционный центр историко-архитектурного ансамбля Петропавловской крепости — Петропавловский собор. Многоярусная колокольня собора с позолоченным шпилем, увенчанным крестом и флюгером в виде фигуры летящего ангела, — самое высокое архитектурное сооружение Санкт-Петербурга (122,5 м). Соборные часы-куранты настроены на исполнение мелодий «Коль славен наш Господь в Сионе» и «Боже, царя храни».