Господство церкви в духовной области способствовало духовной отсталости населения колоний, а не распространению идей и знаний, как утверждают церковные апологеты. Хосе Карлос-Мариатеги отмечает: "… богословская наука вместо того, чтобы перекинуть мостик между нашей страной (Перу. – И. Г.) и достижениями человеческой мысли той эпохи, наоборот, отделяла нас от них. Пока схоластическое учение в Испании получало от мистики ее огонь и горение, оно еще носило живой и созидательный характер. Но однажды застыв в педантичных казуистических формулах, оно потеряло всю свою гибкость, стало высушенной мыслью эрудита, неподвижной и риторической ортодоксальностью испанского теолога" (Мариатеги X. К. Семь очерков истолкования перуанской действительности. М., 1963, с. 124).
Мариатеги ссылается на мнение перуанского мыслителя Хавьера Прадо, который на вопрос: "Какой науке нас учили священнослужители?" – отвечал: "Вульгарной теологии, формалистическому догматизму, чудовищной мешанине из различных перипатетических учений и схоластических силлогизмов. Всякий раз, когда церковь не может дать действительно научных познаний, она прибегает к попытке отвлечь или усыпить наше внимание словесно-терминологическим жонглированием, никчемной, пустой и бесплодной аргументацией! В Перу произносились по-латыни речи, которые никто не понимал, тем не менее, на них ссылались как на подтверждение своих взглядов. У нас в изобилии водились ученые мужи, новоявленные Пико де ла Мирандола, которые имели готовые на все случаи жизни рецепты, чтобы решить проблемы всех наук; здесь разрешались все вопросы, относящиеся как к божественному, так и к человеческому, с помощью религии и авторитета учителя, хотя полное невежество царило не только в отношении естественных наук, но и в отношении философии и работ Боссюэ и Паскаля" (Мариатеги X. К. Семь очерков истолкования перуанской действительности. М., 1963, с. 124).
Духовенство было главным, если не единственным, посредником между колониальной администрацией и индейским населением. Миссионеры господствовали на окраинах колониальных владений, а в покоренных индейских селениях командовал доктринер-монах – единственный из испанских колониальных чиновников. Без помощи доктринеров испанцы не могли бы взимать налогов с местного населения, заставлять его выполнять различные трудовые повинности, использовать его для покорения "диких" индейцев или усмирения восставших.
Но кроме политического и идеологического влияния церковь в колониях являлась, как мы увидим, и могучей экономической силой.
Духовенство обладало особыми правами (фуэрос), согласно которым ее представители были подсудны только церковным трибуналам и к ним не могло быть применено насилие, в том числе пытки, арест и тем более смертная казнь.
В теологическом (идеологическом) плане колониальная церковь подчинялась не испанской короне, а папскому престолу.
Следует ли из сказанного, что церковь в колониях образовывала как бы государство в государстве, являясь самостоятельным, независимым от королевской власти институтом? Вовсе нет. Скорее всего она походила на "родственницу" королевской власти, с которой была связана кровными узами, которая ей покровительствовала, поощряла, использовала в своих целях и одновременно бдительно за ней следила, стараясь не допустить с ее стороны поступков, могущих нанести королевскому трону какой-либо ущерб.
Испанию в отличие от других католических стран обошла стороной борьба папства за преобладание над светской властью, пронизывающая все средневековье. Причиной тому была длившаяся восемь столетий война между Испанией и маврами. Испания находилась как бы на переднем крае христианства. Сражаясь, с маврами, испанцы стремились обеспечить свою независимость, преградить путь в Европу мусульманству. Национальные интересы Испании отождествлялись с интересами христианства, ибо война национальная являлась одновременно и религиозной войной – христиан против мусульман. В данном случае национальные, государственные интересы Испании совпадали с интересами папского престола.