Иначе дело обстояло в Эстонии, где русские приходы составляли лишь 25 %. Там уже много месяцев шла открытая и упорная борьба. Еще 14 октября 1941 г. митрополит Александр заявил, что он «был признан государственной властью единственным главой Эстонской Церкви», и угрожал привлечением не подчинившихся ему к ответственности. Действительно, митрополита активно поддерживали созданные под эгидой германских местные эстонские органы управления, которые развернули целую кампанию угроз и репрессий против русских священников и мирян. Подобными методами значительную часть из них временно удалось запугать и заставить молчать. Только русским приходам и монастырю в Печорском районе удалось остаться в составе экзархата Московской Патриархии. Кроме того, о своей верности митрополиту Сергию заявил епископ Нарвский Павел (Дмитровский), но его лишили возможности управления почти всеми прежде подчиняющимися ему приходами. Владыка неоднократно резко протестовал, но ситуация не менялась. Экзарх в свою очередь тоже протестовал против действий митрополита Александра и подал заявление германским органам власти с просьбой не препятствовать воссоединению Эстонского епископата с экзархатом и запретить вмешательство в это дело местной эстонской администрации. Его усилия долгое время также оставались безуспешными
[703].Такое положение сохранялось до конца лета. 23 июля 1942 г. Синод Апостольской Православной Церкви Эстонии постановил, что она остается в юрисдикции Константинопольского патриарха и в границах прежнего эстонского государства. Из 10 священнослужителей, участвовавших в заседании Синода, не было ни одного русского. В докладной записке «Православная церковь в Остланде» от 6 июля 1942 г., написанной руководителем особого штаба X главной рабочей группы «Остланд» оперативного штаба Розенберга В. Холлбергом (Тарту), говорилось, что борьба в Эстонии должна будет, вероятно, в конце концов свестись к разгрому русской части Православной Церкви: «О многом говорит уже то, что ситуацию характеризуют как национальное преследование русских внутри православной церкви руководителем этой церкви. Известие об этом перешагнуло границы Остланда и производит очень нежелательное впечатление на население освобожденных от большевиков областей России»
[704].Ободренное возвращением экзарха в Ригу русское духовенство Эстонии усилило свое сопротивление. 19 июня 1942 г. большинство священников Печорского благочиния официально отреклись от митрополита Александра, который был назван схизматиком. Это решение и просьбу о подчинении епископу Павлу они передали состоявшемуся 23 июля в Риге архиерейскому совещанию экзархата. Совещание направило митрополиту Александру письмо с призывом одуматься, признать свою вину и положить конец церковному беспорядку. Одновременно епископу Павлу, вошедшему в непосредственное подчинение экзарха, было поручено руководство всеми русскими приходами в Эстонии.
Выполнить это оказалось очень непросто. Несколько священников, признавших владыку, были арестованы эстонской политической полицией и посажены в тюрьму. 25 августа епископ Павел писал Холлбергу: «Моя задача состоит теперь в том, чтобы все существующие в Эстонии русские общины объединить и собрать в Нарвской епархии. Однако эту задачу осуществить нелегко, так как митрополит Александр своими незаконными распоряжениями вторгся в жизнь общин моей епархии и при пособничестве его доверенных лиц порой прибегает к акциям совсем нецерковного характера… Было бы хорошо, если бы мы — русские могли устроить епархиальное собрание, в результате чего собрались бы представители всех общин для выяснения всех волнующих нас вопросов. Но едва ли можно надеяться, что органы власти в настоящее время допустят такое собрание»
[705].Оценка действий митрополита Александра, данная преосв. Павлом, была вполне справедлива. Так, 24 августа митрополит обратился к первому ландесдиректору (руководителю подобранного немцами эстонского национального комитета) X. Мее с жалобой «на назначенного большевиками экзарха Сергия, который с большевистских времен враждебным образом действий препятствует нормальному развитию и порядку нашей церкви». Кляузный тон этого письма-доноса, переполненного заверениями в преданности Третьему рейху, сильно отличался от спокойного, выдержанного тона процитированного выше письма Нарвского епископа. В итоге еп. Павел был вызван в Таллин, где Мее лично выразил ему свое явное неудовольствие
[706].