Кроме того, украинские националисты двух враждующих между собой течений — мельниковцы и бандеровцы, получив полную свободу действий и поддержку оккупантов, быстро заняли основные командные посты в созданной нацистами гражданской администрации. Естественно, они помогали автокефалистам. Так, племянник Петлюры Степан Скрыпник (14 мая 1942 г. принявший сан епископа с именем Мстислав) 26 июля 1941 г. был назначен представителем Министерства восточных территорий при группе армий «Юг» и стал доверенным лицом по вопросу организации гражданского управления на Украине. Однако германская политика сводилась к стремлению отделить республику от России, но не к созданию независимой Украины. В связи с этим у оккупационных властей постепенно все больше стали расти конфликты с бандеровцами. В сводке полиции безопасности и СД от 9 сентября 1941 г. с явным беспокойством отмечалось, что в Галиции «наиболее крайняя группа» С. Бандеры проводит пропаганду независимой Украины, используя в своих целях религиозные праздники. То же совершалось в районе Пинска. А в Луцке происходило открытое приведение к присяге бандеровцев во время богослужения
[944].Первый конфликт произошел после того, как в день захвата Львова 30 июня 1941 г. группа бандеровцев, частично служивших в специальном батальоне вермахта «Нахтигаль», самовольно распространила по радио прокламацию о провозглашении независимого украинского государства. 9 июля главные участники объявления независимости были взяты под «почетный арест». Одновременно были арестованы сам С. Бандера и его ближайшие сотрудники. После допроса в столице Третьего рейха и отказа взять назад провозглашение независимости все эти деятели, «находясь номинально под домашним арестом, получили разрешение продолжать политическую деятельность в Берлине»
[945].Через несколько месяцев репрессии усилились. В секретном приказе оперативной команды С/5 полиции безопасности и СД от 25 ноября 1941 г., разосланном в Киев, Днепропетровск, Николаев, Ровно, Житомир и Винницу, говорилось: «Установлено, что бандеровская организация подготавливает в рейхскомиссариате восстание с конечной целью создания независимой Украины. Все активисты бандеровского движения должны быть немедленно арестованы и после тщательного допроса без шума ликвидированы под видом грабителей»
[946].В сообщении СД от 8 декабря 1941 г. указывалось, что часть украинских сепаратистов арестована, политика их принимает все более антинемецкий характер, руководящие круги ОУН не верят в победу Германии и создают собственные партизанские отряды. В дальнейшем репрессии против бандеровцев продолжались. Согласно другому сообщению СД, от 20 сентября 1942 г., в Германии была проведена большая акция против функционеров движения — всего было арестовано 210 человек
[947]. Особенно активно националистическое украинское партизанское движение начало расти в 1943 г., что вызвало сильную тревогу оккупантов.Таким образом, в отличие от Белоруссии, где германские власти всячески поддерживали достаточно слабый национализм, на Украине они были обеспокоены активной деятельностью выходцев из Галиции. Стремясь ослабить русское влияние, нацисты использовали украинский национализм, опираясь в основном на мельниковцев, но в то же время опасались его, не имея возможности полностью контролировать. Поэтому они допустили создание двух параллельных иерархий, несмотря на то, что автономная Церковь входила в состав Московской Патриархии. Со временем германские власти решили не вмешиваться в это церковное противостояние, которое становилось им выгодным.
Дальнейшее развитие церковной политики на Украине определялось взаимодействием и борьбой трех центров власти: рейхскомиссара, который хотя формально и подчинялся РМО, но с помощью рейсляйтера Бормана мог действовать независимо; Министерства занятых территорий, чьи взгляды частично разделял абвер (военная разведка), и СД, которое проводило в восточной политике свою собственную линию (за нее отвечал обергруппенфюрер СС Олендорф). При этом церковная политика ведомства Коха и СД во многом совпадала. Оба учреждения не хотели (в отличие от РМО) идти на какие-либо, даже временные, уступки религиозным организациям. И по мере все большего ухудшения отношений с украинскими националистами в глазах этих ведомств автокефальная Церковь теряла свое привилегированное положение. 1 ноября 1941 г. шеф оперативной группы С в Киеве издал приказ о предотвращении открытия всех духовных учебных заведений. Это же подтвердил в своем указе РКУ от 2 февраля 1942 г. командующий полиции безопасности и СД, отметив также: «Всеми средствами препятствовать образованию всеукраинской автокефальной церкви или охватывающему значительную область объединению Православной Церкви под руководством митрополита в качестве влиятельного политического фактора»
[948].