Украинское монашество отвергало автокефальных священнослужителей как неканоничных, и первоначально все 15 обителей западной части республики принадлежали к автономной Церкви. Оккупационные власти поставили особые препятствия восстановлению монашества. Они запрещали пострижение мужчин рабочего возраста, расценивая это как уклонение от трудовой повинности. И все же на бывшей советской части Украины было воссоздано, по подсчетам автора, 45 монастырей: по 12 в Одесской и Киевской областях, 6 в Житомирской, 4 в Ровенской, по 3 в Черниговской, Полтавской, Винницкой и по 1 в Сумской и Днепропетровской. Число насельников удалось подсчитать только в 32 украинских обителях — 2391, в том числе 1505 женщин и 886 мужчин. Таким образом, 46 обителей относилось к автономной Церкви (Одесская область отошла к Румынии) и лишь два небольших монастыря на Волыни — Белевский и Дерманский с 70 иноками перешли в 1943 г. к автокефалистам
[990].В 1943 г. в результате наступления советских войск значительная часть украинского духовенства эвакуировалась в западную часть республики и там развернулась открытая межцерковная борьба, причем автономная Церковь и здесь сначала доминировала. В конце 1942 г. она вновь открыла Духовную семинарию в Кременце, закрытую в 1939 г. Тогда бандеровцы развернули массовую кампанию террора против прорусски настроенных священнослужителей. 7 мая 1943 г. украинскими националистами был убит митрополит Алексий, а в августе захвачен и повешен в лесу епископ Владимиро-Волынский Мануил (Тарновский), 22 июля 1942 г. перешедший из автокефальной Церкви в автономную. Историк Ф. Хейер приводит имена 27 священников, убитых бандеровцами только на Волыни в течение лета 1943 г. В некоторых случаях убивали и членов их семей. Следствием террора был рост числа автокефальных приходов, особенно на Волыни, где в течение 1943 г. более 600 приходов перешло в автокефальную Церковь. В этой епархии в юрисдикции автономной Церкви решались оставаться в основном приходы в городах, где террор бандеровцев ощущался меньше
[991]. Он не прекратился и с приходом советской армии. 23 сентября 1944 г. епископ Волынский Николай (Чуфаровский) докладывал Патриаршему Местоблюстителю, что за последнее время бандеровцы убили на Волыни 5 священников автономной Церкви «за признание Московской Патриархии»: «…многие священники говорили мне, что 3–4 месяца они не ночуют в квартире, а уходят в поле, боясь партизан» [992].Канонические выборы преемника митрополита Алексия должны были состояться на Соборе всех архиереев автономной Церкви. В июне 1943 епископ Пантелеймон внес такое предложение германским ведомствам, однако оно не было принято из-за проводимой в РКУ политики децентрализации церковного управления. Были разрешены лишь выборы старшего иерарха в генерал-бецирке Волынь-Подолия на архиерейском совещании 6 епископов этого округа 6–7 июня 1943 г. в Ковеле. Остальным автономным архиереям генеральный комиссар запретил приезд на совещание. В присутствии его представителя тайным голосованием был избран архиеп. Дамаскин (Малюта). Все архиереи автономной Церкви единодушно отвергали ее раздробление на несколько частей по числу генерал-бецирков и в конце концов после долгой борьбы добились разрешения на проведение своего общего собора. Он должен был состояться в Киеве 19 сентября 1943 г., но наступление советских войск помешало его проведению. Однако известно, что в апреле 1944 г. после эвакуации в Варшаву владыка Пантелеймон (Рудык) все же был избран главой автономной Церкви с возведением в сан архиепископа
[993].