Первые недели оккупации неблагоприятно отразились на положении Польской Православной Церкви. Был закрыт православный факультет Варшавского университета, перестал выходить официальный церковный орган — еженедельник «Воскресное чтение», в ходе военных действий пострадали некоторые храмы, в лагерях для военнопленных оказалась целая группа православных священников (прикомандированных накануне войны к польской армии, так как ожидалось ее резкое увеличение в ходе мобилизации) и т. д. Из 10 архиереев на германской территории в Варшаве остались лишь 2 — митрополит Дионисий и его викарный епископ Люблинский Тимофей (Шрёттер). Оба они считались сторонниками польского влияния в Церкви и не пользовались доверием германских властей. Епископ Тимофей, хотя он и являлся по национальности немцем, был отстранен от всех дел и вскоре уехал из Варшавы в единственный оказавшийся на территории Генерал-губернаторства Яблочинский православный монастырь. А митрополита Дионисия, в связи с его призывом в послании в первые дни войны защищать Польшу, арестовало гестапо. Эти сведения частично содержатся в докладной записке германского посольства в Варшаве в МИД по поводу запроса Константинопольского Патриарха (от 26 октября 1939)
[170].Вселенский Патриарх был не единственным, кого волновала судьба православных на прежней польской территории. Прежде всего, этот вопрос беспокоил священнослужителей и мирян РПЦЗ. Еще в середине октября профессор Кенингсбергского университета Н. Арсеньев обратился к Берлинскому архиепископу Серафиму с просьбой передать его письмо в Министерство церковных дел. Арсеньев просил помочь переехать в Варшаву тем православным, оказавшимся на территории, занятой советской армией, которым, по его мнению, грозила смерть: епископу Острожскому Симону, семье графа Хрептович-Бутенева, мужу и жене Волк-Карачевым. Кроме того, профессор предлагал образовать специальный комитет из священнослужителей и мирян под председательством архиеп. Серафима для оказания помощи православным беженцам и восстановления церковной жизни в занятой вермахтом части Польши. В этот комитет должны были войти митр. Дионисий, еп. Симон, протопресвитер Терентий Теодорович, протоиерей Д. Сайкович и др. Архиеп. Серафим в сопроводительном письме в РКМ от 27 октября 1939 г. полностью поддержал предложения профессора Арсеньева и в свою очередь попросил в случае согласия министерства ввести его в состав комитета, а также члена архиерейского совета Германской епархии Н. Фабрициуса, так как оба хорошо знали Польшу. Оба предложения Арсеньева были отвергнуты ввиду негативной позиции МИД, 28 декабря сообщившего о ней в РКМ
[171].Сильно обеспокоен положением православного населения Польши был и Синод РПЦЗ. Вопрос помощи православным там явился первой проблемой, вставшей в связи с началом Второй мировой войны. Прошел слух, что все епископы Польской Церкви во главе с митр. Дионисием в начале сентября находились на Волыни, в Почаевской лавре, и затем оказались на советской территории. Поэтому архиеп. Серафиму было поручено ознакомиться с положением Польской Церкви и оказать помощь ее иерархии, если она сохранилась, или в противном случае принять на себя попечение о верующих, оказавшихся без епископов
[172].Таким образом, архиеп. Серафим действовал не по своей инициативе. 10 ноября 1939 г. он приехал в Варшаву и застал там из архиереев только митр. Дионисия, с которым удалось встретиться и обсудить ситуацию. Варшавский митрополит оказался в трудном положении. У него и до войны была сильная оппозиция, с одной стороны, русских, недовольных его колонизаторской политикой, а другой — украинцев, считавших, что он им недостаточно помогает. Теперь эти противники обрушились с двух сторон и апеллировали к германским властям. Кроме того, митр. Дионисий и так находился под арестом гестапо. В этих условиях, по утверждению правителя дел Синодальной канцелярии РПЦЗ Г. Граббе, Варшавский митрополит сам вызывал архиеп. Серафима, чтобы тот ему помог
[173].