Церковными делами в прифронтовой полосе (на практике почти на всех занятых русских и отчасти украинских территориях) занималась военная администрация в лице командующих тыловыми областями групп армий «Север», «Центр» и «Юг». Последняя в июле 1942 г. была поделена на «А» и «В», которую в феврале 1943 г. переименовали в «Дон», а затем снова в «Юг». Непосредственно же к решению религиозных проблем были причастны руководящие отделы и отделы пропаганды при командующих, а на местах полевые и постоянные коменданты. Кроме того, существовали территориальные командующие в областях, управляемых гражданской администрацией, которые, правда, имели гораздо меньшее значение: командующие вермахтом в «Остланде» (с 25 июля 1941 г.), на Украине (с 1 сентября 1941 г.) и в Белоруссии (с 18 апреля 1943 г.) В своей зоне управления военная администрация старалась не провоцировать лишних конфликтов с гражданским населением, усиливавших антигерманские настроения и различные формы сопротивления. Поэтому и деятельности православного духовенства открыто не препятствовали. Неслучайно единственная разрешенная на оккупированной территории СССР Духовная миссия Русской Церкви — Псковская — существовала в тыловой области группы армии «Север».
Идеолог Национал-социалистической германской рабочей партии (НСДАП) Альфред Розенберг, непосредственно занимавшийся в ней церковными вопросами и враждебно настроенный к христианству (особенно к католицизму)[250]
, в первые годы Второй мировой войны был руководителем внешнеполитической службы НСДАП. Он происходил из прибалтийских немцев, в 1910-е гг. учился в Москве и служил в русской армии. 31 марта 1941 г., готовясь к войне с СССР, Гитлер назначил его руководителем новой «Политической службы Востока», переименованной 20 апреля 1941 г. в «Центральный отдел разработки восточных вопросов». С опубликованием указа фюрера об управлении занятыми восточными территориями от 17 июля 1941 г. была определена передача управления этих земель, как только они окажутся «умиротворены», от военной к гражданской администрации и рейхсляйтер Розенберг назначен рейхсминистром новых территорий.Аппарат созданного РМО состоял из 4 главных отделов, из которых наибольшее значение имел политический. Он должен был разрабатывать общую направляющую политическую линию министерства. Правда, на практике его компетентность была сильно ограничена вмешательством других органов власти рейха и стремлением к независимости назначенных вскоре рейхскомиссаров, которые часто не обращали внимания на указы РМО. Именно в главный отдел политики, возглавляемый Г. Лейббрандтом, и входил отдел культурной политики, в свою очередь состоявший из 8 групп, в том числе группы религиозной политики. В 1941–1945 гг. ее бессменно возглавлял Карл Розенфельдер, лично занимавшийся составлением большинства циркулярных документов относительно Русской Церкви. Приказом от 10 августа 1943 г. главный отдел политики был преобразован в руководящий штаб политики, а его начальником назначен руководитель главной службы СС Бергер. Но в составе этого подразделения сохранилась руководящая группа вопросов культуры, в которую по-прежнему входила группа религиозной политики.
Управляемая РМО территория была поделена на рейхскомиссариаты, те в свою очередь на генерал-бецирки (округа), а последние на крейсгебиты (районы). Указом от 17 апреля 1941 г. из советских прибалтийских республик, а также новообразованной Белоруссии был создан рейхскомиссариат «Остланд» (РКО) во главе с Хинрихом Лозе (ранее гауляйтером земли Шлезвиг-Гольштейн). 20 августа 1941 г. приказом Гитлера из части территории Украинской ССР был образован рейхскомиссариат «Украина» (РКУ), а 1 сентября его руководителем назначили гауляйтера Восточной Пруссии Эриха Коха. «Остланд» состоял из 4 генерал-бецирков. РКУ же в 1941 г. — также из 4, а в 1942 г. оказался расширен до 6. Ими управляли генерал-комиссары, получившие на практике, как и рейхскомиссары, значительную самостоятельность. Поэтому религиозная политика в различных рейхскомиссариатах и даже генерал-бецирках при общей единой линии порой заметно отличалась. В целом в «Остланде» она была менее жесткой, чем на Украине.
Следует отметить, что практически сразу после создания гражданского управления на оккупированной части СССР начала проводиться политика различных ограничений сферы его компетентности. Так, уже приказом Гитлера о полицейской безопасности новых занятых восточных территорий от 17 июля 1941 г., рейхсфюреру СС и шефу германской полиции Генриху Гиммлеру было поручено ведение ими в своей сфере. Таким образом, РСХА и входивший в группу IVB службы IV «церковный» реферат IV ВЗ распространили область своей деятельности далеко на Восток. С 4 февраля 1944 г. после реорганизации гестапо религиозными делами в РСХА занимался фахреферат IV A4, входивший в группу IVA службы IV. Возглавлял эту работу штурмбаннфюрер СС Нейгауз.