Критической точки хозяйственный и социальный кризис достиг в конце правления Ивана Грозного и в начале царствования его сына Федора. В это время начала восходить звезда Бориса Федоровича Годунова, иа сестре которого был женат Федор Иванович. Царский опричник, выдвинувшийся еще при Грозном, Годунов при его сыне был фактическим правителем государства, а после его смерти в 1598 г. стал царем. Его путь к престолу был нелегким. Ужо в годы правления Федора Годунов принял некоторые моры, облегчившие положение народа. Прекратились опричные погромы, уменьшилась тяжесть налогов и служб. Оживлялась хозяйственная деятельность. Однако хозяйственное разорение было слишком сильным, чтобы эти паллиативные меры могли улучшить положение. Крепостнические законы 80–90-х годов усугубляли ого. Бегство простых людей на окраины продолжалось.
К хозяйственному и социальному кризису прибавился династический. Царь Федор не имел наследника, а его брат Дмитрий, сын Ивана Грозного от Марии Нагой, погиб при таинственных обстоятельствах 15 мая 1591 г. в Угличе. Многие современники, русские и иностранцы, прямо обвиняли Бориса Годунова в убийстве с целью овладения престолом московских государей. Со смертью Федора династия Ивана Калиты прекратилась. Борис Годунов, ставший царем поело долгих лет упорной борьбы за власть с соперниками, в результате их устранения мог рассчитывать на то, что он явится основателем новой династии. Первые два года нового правления принесли некоторое облегчение: была объявлена амнистия, дамы льготы населению. Так, Годунов снял недоимки в сборе налогов, пытался регламентировать повинности крестьян, заменить прямые налоги косвенными. В 1601–1602 гг. правительство разрешило в частичном порядке выход крестьян от феодалов.
Однако хозяйственный и социальный кризис продолжался. С еще большой силой он проявился в начале XVII в. Тяжелое положение народных масс во второй половине XVI в., обнищание трудящихся слоев населения, наступление феодалов на их права вызывали возрастающий отпор угнетенных. Он носил различные формы. Повседневный характер имела борьба крестьян с феодалами за землю — будь то и царских судах или в самих имениях феодалов, где крестьяне распахивали или переносили межевые границы и знаки. В большом числе крестьяне и представители других угнетенных слоев бежали от своих господ. Все эти действия, пассивные по своему характеру, сопровождались нередко и более активными выступлениями — крестьяне и холопы громили дворы феодалов, уничтожали крепостные документы, убивали хозяев или приказчиков.
Во второй половине XVI в. довольно заметной формой сопротивления классовому нажиму феодалов и их государства становится отказ от уплаты налогов, исполнения повинностей, распоряжений администрации. Широкие размеры приняли так называемые разбои, Власти изображали всех участников подобных выступлений как уголовных преступников. Между тем многие их действия носили антифеодальный характер — крестьяне расправляются с феодалами, светскими и духовными, громят их имения, уничтожают документы, закреплявшие зависимое положение крестьян и холопов. В годы опричнины жертвами классовой мести стали некоторые помещики.
Классовая борьба крестьян усиливается к концу XVI в.
В 80–90-е годы в разных концах страны вспыхивают волнения. Учащаются выступления людей, которые в правительственных документах именуются «ворами», «разбойниками», «лихими людьми». В ряде случаев власти вынуждены посылать вооруженные отряды для подавления народных выступлений.
В 90-е годы монастырские и черносошные крестьяне выступают против земельных захватов монастырей, их эксплуатации. Источники сохранили сведения о подобных восстаниях крестьян многих монастырей, в том числе крупнейших — Троице-Сергиева, Кирилло-Белозерского, Соловецкого.