На глазах Е. И. Пугачева усиливались крепостной гнет и притеснения простых людей всей России, происходили их выступления против извечных «внутренних врагов». Он сам многое видел и испытал. Детство и юность Пугачева протекали на Дону в вольнолюбивой среде храбрецов и рубак, искусно владевших саблей и копьем, замечательных наездников, выносливых воинов.
Емельян Иванович Пугачев родился примерно в 1742 г. в станице Зимовейской. Пугачевы исстари были казаками, возможно выходцами с Украины (прозвище его деда Пугач идет, вероятно, от украинского слова «пугач» — филин).
Как и у всех «простых казаков» (так назвал себя и своих родственников сам Пугачев), его детство и юность прошли в бедности и непрерывном труде — он, помогая отцу, еще мальчиком пахал и боронил землю. Лет 18-ти молодой казак женился. Вскоре в составе команды донцов он принимает участие в Семилетней войне с прусским королем Фридрихом II в составе войск графа З. Г. Чернышева, имя которого впоследствии будет носить одни из сподвижников Пугачева во время Крестьянской войны. Служит он под началом полковника И. Ф. Денисова, который, оценив его за «отличную проворность», делает ординарцем. Но, как скажет позднее А. С. Грибоедов, «минуй нас пуще всех печалей и барский гнев и барская любовь». Однажды в неразберихе ночного боя ординарец упустил одну из лошадей начальника, и тот не замедлил жестоко его наказать: Пугачева бьют «нещадно плетью». Во время войны он побывал в Польше, участвовал во многих сражениях.
Смерть императрицы Елизаветы и воцарение Петра III, горячего поклонника Фридриха II и прусской муштры, быстро изменили обстановку — война против Пруссии прекратилась. Пугачев в 1762 г. приезжает в отчий дом. Года через полтора его снова посылают в составе казачьей команды в Польшу. На этот раз донцы занимаются возвращением в Россию беглецов-староверов; он имел возможность убедиться в тяжелой участи людей, подвергавшихся проследованиям церкви и правительства по религиозным мотивам.
В русско-турецкой войне 1768–1774 гг. Пугачев за храбрость получает чин хорунжего — младший офицерский чин у казаков. Его команда находилась в составе войск П. И. Панина — будущего душителя Крестьянской войны.
Из-за болезни Пугачева отпускают домой. Его свободолюбивая и храбрая, упорная и настойчивая натура не может вытерпеть спокойной жизни и бедности, тяжелой службы и бесправия. К тому же он отличается определенным честолюбием — стремлением, как говорил он сам, «произвесть себя отличным от других». Однажды во время русско-турецкой войны Пугачев, показывая в кругу товарищей свою замечательную саблю, старался уверить их, что она подарена ему не кем иным, как самим Петром Великим (умершим более чем за полтора десятилетия до его рождения!), который к тому же был-де его крестным отцом!
Поиски лучшей доли, свободной жизни и воли, приводят молодого и беспокойного казака к решению бежать с Дона на Терок. Побеги и аресты приводят к тому, что в глазах властей он становится бунтарем, т. е. человеком очень опасным.
1772 год застает беглеца Пугачева среди староверов спадала на Украине, затем в Белоруссии, в Ветке — известном раскольничьем центре. Здесь на Добрянском форпосте Пугачев узнает о том, что «помутился», т. е. восстал, Яик, что казаки там «бунтовали и убили генерала».
Вскоре Пугачев перебирается в Поволжье к раскольникам. Он собирается ехать на Яик, чтобы предложить тамошним казакам уйти на Кубань, принадлежавшую тогда Турции. На Яике в те дни власти вели жестокое следствие о недавнем «бунте». Филарет, старообрядческий игумен в Мечетной слободе (ныне гор. Пугачев Саратовской области), поддержал его: «Яицким казакам великое разорение», «они… с тобой с радостью пойдут».
Действительно, яицкие казаки охотно откликнулись на предложение Пугачева. Но их волновало и другое: по Яику распространились слухи о том, что в Царицыне «объявился» государь Петр Федорович; на самом деле это был очередной самозванец — Федот Богомолов, беглый крестьянин, вскоре схваченный властями. Пугачев знал о Богомолове-«Петре» и его аресте. В разговоре с одним из яицких казаков, Пьяновым, Пугачев утверждает, что он, Пугачев, и является чудесно спасшимся от смерти «государем». Вскоре его снова арестовывают по доносу случайного попутчика. Он в январе 1773 г. очутился в казанской тюрьме, но вскоре, 29 мая того же года, опять, уже в четвертый раз в своей короткой жизни, бежит из-под стражи, пробирается на Яик.
В сознании Пугачева происходит заметный перелом. Неясные и беспокойные мечты о свободной жизни и вольной земле где-то за рубежами родной земли — будь то на Кубани или Тереке, в Ветке или Бессарабии — сменяются твердым решением начать борьбу за свободу и волю в самой России, где «чернь бедная терпит великие обиды и разорения». С помощью бедного люда и для него он бросает вызов всему строю эксплуатации, насилия в лжи с тем, чтобы сбросить ненавистные цепи угнетения.