Как следует из данных решений, особую озабоченность вызывала сохранность железнодорожной магистрали. Помимо органов советской власти беспощадные меры принимало военное руководство. Комбриг Рахманов, командующий вооруженными силами в районе Омск – Тюмень, 15 февраля отдал приказ: железнодорожные линии Омск – Тюмень и Омск – Челябинск разделить на определенные участки. Возложить ответственность за сохранность каждого участка, прилегающего к 10-верстной полосе по обе стороны от железной дороги, на местное население, из которого взять сразу же заложников. Объявить жителям деревень, входящих в указанную полосу, что в случае повторения налетов на железную дорогу заложники будут расстреляны без суда. Этот приказ предписывалось широко распространить среди местного населения, расклеив его на видных местах [2: 206].
Член чрезвычайной тройки Сибревкома, полномочный представитель ВЧК в Сибири И. Павлуновский 14 февраля 1921 г. издал инструкцию местным органам ВЧК «О применении высшей меры наказания в районе, охваченном восстанием». В соответствии с инструкцией подлежали расстрелу: руководители движения; занимавшие командные должности в отрядах повстанцев; повстанцы, взятые в плен и освобожденные, в случае, если они вторично попали в плен в боях с советскими войсками; не сдавшие огнестрельного оружия после того, как был опубликован приказ о сдаче оружия; уличенные в поджоге, порче железнодорожных путей и железнодорожных сооружений, телеграфных проводов [2: 203].
Тюменский губисполком 5 марта объявил о конфискации имущества причастных к восстанию [2: 297]. Свирепствовали выездные сессии ревтрибунала.
В конце февраля – начале марта 1921 г. от восставших были очищены железная дорога Омск – Тюмень и Омск – Челябинск. В конце марта – начале апреля основные очаги восстания были разгромлены. В мае 1921 г. карательные отряды Красной армии окончательно разбили основные силы повстанцев. В июне период оперативных военных действий в основном закончился. В отношении повстанцев был развязан беспощадный террор. В районе восстания свирепствовали созданные советским командованием революционные тройки и ревкомы, активно применялась система заложничества и расстрела заложников.
Однако борьба с повстанцами в апреле – мае не закончилась: она перешла в новую фазу – партизанской войны и продолжалась вплоть до начала 1922 г. Знание родной местности позволяло повстанческим отрядам оставаться неуловимыми. Тюменские повстанцы использовали эффективную партизанскую тактику: при приближении регулярных войск отряды рассыпались на мелкие группы, распылялись, их участники скрывались в лесах, в деревнях под видом сельских жителей, при необходимости снова объединялись для проведения стремительных налетов. Партизанская тактика показала неэффективность оперативных действий регулярных войск.
Сочувственное отношение к повстанцам и поддержка со стороны местного населения позволяли получить укрытие, своевременную информацию о приближении регулярных войск. Население снабжало повстанцев продовольствием, лошадьми и хозяйственными средствами.
Крестьяне считали повстанческих вождей защитниками от налогов. Захваченный ими хлеб из разграбленных ссыпных пунктов делился среди крестьян (подобную практику осуществляли, к примеру, Шевченко, Сикаченко, Вараксин, Булатов со своими отрядами). Жители сел и деревень отказывались помогать войсковым частям и власти в борьбе с повстанцами.