Тюменский губисполком и командование советскими войсками Тюменской губернии выпустили приказ 15 октября 1921 г., жестоко каравший за поддержку повстанцев: «Лица, уличенные в сношении с ними, добровольном их укрывательстве, в снабжении продовольствием, а также сообщении бандитам сведений о движении войск Красной Армии, подвергаются высшей мере наказания — расстрелу. Непринятие мер к охране и ограждению государственных учреждений и предприятий, ссыпных пунктов, а также к спасению жизни должностных лиц советской власти, продовольственных работников и коммунистов при посягательстве и вооруженных налетах бандитов должно рассматриваться как сочувствие и пособничество разбойникам, а потому жителей тех сел и деревень, где такие случаи будут иметь место, надлежит облагать — вообще всех — контрибуцией денежной и натуральной с конфискацией имущества» {2: 539}.
Данный документ дополнился отдельным приказом командующего советскими войсками Тюменской губернии — начдива 57-й дивизии, который устанавливал «суровые карательные меры» к населению за сочувственное отношение к бандитам, «не останавливаясь ни перед чем»: взятие заложников, выездные сессии ревтрибунала, расстрелы пособников, сжигание целых селений. Командование вооруженных сил придумало даже экзотический вид наказания: воинские гарнизоны, ответственные за определенную территорию, на которой произойдут проявления бандитизма, будут переведены на прокорм за счет населения данных территорий {2: 556}.
Тем не менее осенью 1921 г. повстанческое движение еще не потеряло свою организованность. При необходимости отдельные группы могли собраться в боевой отряд до 500—700 человек, с обозом до сотни подвод {2: 566}. До начала зимы на территории Тюменской губернии общая численность постоянно действовавших повстанцев достигала до 500 бойцов {2: 566}.
19 ноября 1921 г. поменялось руководство войсками Тюменской губернии. Новое руководство подчинялось не сибирскому военному руководству, а штабу Приуральского военного округа — в оперативном отношении данное обстоятельство имело значительные преимущества. С этого времени решительно изменилась военная тактика советских войск против повстанцев.
Вся территория Тюменской губернии была разделена на три боевых участка (Тюменско-Тобольский, Ялуторовский и Ишимский) с районами по административным границам уездов. Каждый боеучасток имел свой штаб во главе с начальником. Боевые участки поделили на батальонные, батальонные — на ротные или гарнизонные, согласно дислокации гарнизонов.
Новый метод борьбы основывался на восстановлении и усилении твердой власти на местах: в районах были выставлены гарнизоны в составе не менее роты и организованы ревкомы для организации власти на местах.
С территории губернии советское командование вывело недисциплинированные воинские части, под угрозой строгого наказания категорически запретило самочинные расстрелы и мародерство.
Мобильности действующих повстанческих отрядов и групп противопоставлялись вновь созданные летучие кавалерийские отряды — специально с этой целью отдельный кавалерийский полк 29-й дивизии был передан в распоряжение командования Тюменской губернии.
Создавалась сеть постоянной агентурной разведки, а также войсковая разведка, чтобы предупредить и своевременно устранить возможность возникновения в районах сопротивления власти. Амнистированные повстанцы привлекались к операциям по ликвидации и поимке главарей. Имели место случаи, когда бывшие повстанцы, получив амнистию, выдавали своих бывших вожаков {2: 519, 567—567, 297}.
К концу декабря 1921 г. после разгрома отрядов Вараксина, Сикаченко, Булатова организованных отрядов в Тюменской губернии не стало. Самостоятельные мелкие группы оставались в районах по месту своего зарождения (в Ялотуровском уезде, к примеру, их общее количество составляло не более 50 человек) {2: 569—570, 576}.
15—30 декабря 1921 г. состоялся второй двухнедельник добровольной явки повстанцев. Власти дали обещание репрессивные меры в отношении вернувшихся не применять. В то же время сдача оружия объявлялась непременным условием явки. Не явившиеся и не сдавшие оружия объявлялись вне закона с применением высшей меры наказания. 5—20 января 1922 г. проводился специальный двухнедельник добровольной сдачи оружия. После 20 января за сокрытие оружия виновные несли наказание по законам военного времени {2: 563, 574—575}.
Западно-Сибирское восстание по своей природе типологически тождественно антоновскому восстанию в Тамбовской губернии и Кронштадтскому восстанию. Оно выявило глубокий кризис политики военного коммунизма, недовольство всего крестьянства советской властью как носительницей этой политики.