Весной 1921 г. в период сева участились явления дезертирства, для пресечения которых были созданы комиссии по борьбе с дезертирством. 19 апреля было приказано всем организациям СТК обратить серьезное внимание на обработку полей и осеменение пашни. Прежде всего должны были быть обеспечены в этом отношении семьи партизан, а затем все остальные безлошадные граждане. Устанавливалось, что обработка полей должна быть бесплатной, замеченных в противном следовало карать по законам революционного времени. В отношении мародеров в партизанской армии выносились приговоры суда, наказание розгами, плетьми и проводились даже расстрелы за грабеж и мародерство.
В партизанской армии была создана определенная схема организации ее учреждений, устанавливалось разделение функций и обязанностей между существовавшими органами и должностными лицами.
Все протоколы, постановления и решения суда в копиях направлялись в Главный оперативный штаб. Большая часть работы возлагалась на секретаря (делопроизводителя) суда. В функции суда входил разбор дел, кроме указанных случаев, по всем преступлениям: по обвинению как граждан, так и партизан войсковых соединений в мародерстве, дезертирстве, грабеже, нанесении оскорблений, агитации, шпионаже, контрреволюции и т. п. Опросом пленных при полках ведали политические работники, которые проводили эти опросы по специально выработанной схеме. Опрос пленных сводился к выяснению характеристики полка, состояния части в боевом, политическом и экономическом отношениях, характеристики командного состава и политработников, отношения красноармейцев к партизанам. По окончании опроса пленные вместе с протоколом опроса направлялись в штаб армии, а иногда и освобождались, в зависимости от данных показаний и их виновности. При суде имелись конвоиры для сопровождения арестованных. Мест заключения не было, согласно инструкции о наказаниях на заключение под стражу не осуждались.