Там располагалась «Сибнефть». Как выяснилось, с облавой пожаловали сотрудники милиции и Генпрокуратуры. По официальной версии, прокуратура искала следы деятельности частной разведывательной структуры Березовского «Атолл». На следующей день прокуратура объявила: начато уголовное дело против «Аэрофлота» — за отмывание денег и нарушение валютного законодательства в связи с компаниями «Andava» и «Forus». В действительности прокуратура вела поиски шире: компании, имевшие отношение к Березовскому, подозревались в мошенничестве, растрате и уклонении от уплаты налогов. Милиция нагрянула и в «Аэрофлот», «NFQ» (рекламная компания) и «ФОК» (финансовая компания). В тот же день зять Ельцина Валерий Окулов уволил девять менеджеров высшего звена и директоров, включая остальных назначенцев Березовского. Он также объявил, что прерывает отношения между «Аэрофлотом» и «Andava».
Принадлежавший Березовскому основной телеканал страны — ОРТ — был лишен государственных субсидий, предстояла процедура банкротства. На главного рекламщика ОРТ Сергея Лисовского «наехала» налоговая полиция. Березовский и не думал сдаваться, он заручился обещанием медийного магната из Австралии Руперта Мердока дать каналу деньги. Между тем «Атолл», связанная с Березовским разведывательная служба, на период расследования была закрыта. Всю первую половину 1999 года велись уголовные дела против целого ряда лиц и компаний — официально никак не связанных с Березовским, и все же как-то связанных.
Расследованием преступной деятельности на «АвтоВАЗе» занималось самарское отделение МВД. После того как в феврале 1999 года здание самарской милиции сгорело (была уничтожена документация по «АвтоВАЗу», погибло не менее шестидесяти человек), МВД объявило, что начинает уголовное дело против «АвтоВАЗа» по обвинению в мошенничестве и отмывании денег. Одновременно Генпрокуратура начала уголовное преследование Александра Смоленского, главы банка «СБС-Агро». Среди главнейших российских банкиров Смоленский был наиболее близок к Березовскому. «СБС-Агро» был третьим крупнейшим банком в России, официальным банком администрации президента. Самого Смоленского обвинили в растрате в связи с фальшивыми авизо (1992—1993), хотя впоследствии эти обвинения были с него сняты. Прокуратура обвинила в растрате и убийстве Анатолия Быкова, участника сделки с Березовским и Романом Абрамовичем по продаже акций Красноярского алюминиевого завода.
Генеральный прокурор Юрий Скуратов также начал расследование деятельности 780 крупных государственных чиновников, которые подозревались в игре на рынке ГКО с использованием служебного положения. В числе официально названных подозреваемых были Анатолий Чубайс и другие молодые реформаторы. Видимо, правительственные чиновники, знакомые с финансовыми планами правительства, летом 1998 года вывели свои средства с рынка ценных бумаг и перевели их за границу — как раз перед тем, как рынок ГКО завис, а рубль рухнул.
Решимость российского правительства вывести крупных мошенников и преступников на чистую воду не осталась без внимания за рубежом. Обвал рубля убедил Запад: поддерживать российское правительство, которое сквозь пальцы смотрит на то, как горстка новых капиталистов грабит страну, — непозволительная глупость. Правительства западных стран наконец-то взялись за борьбу с отмыванием денег, которые вывезли из России мародеры-олигархи. Осенью 1998 года министерство финансов США совместно с ФБР и Министерством юстиции начало тайное расследование дела о вывозе из России по крайней мере 7 миллиардов долларов через «Bank of New-York». Федеральные структуры обнаружили: как минимум часть этих денег имеет криминальное происхождение, например оплата выкупа за похищенных людей. Источник остальных средств был не так ясен. Но очевидным было другое: даже наиболее почтенные американские институты были заражены вирусом российской организованной преступности.
Деньги наиболее подозрительного свойства на счетах «Bank of New-York» приходили из целого ряда каких-то сомнительных московских учреждений: банк «Фламинго», «Собинбанк», «Депозитарно-клиринговый банк», «МДМ Банк» — все они в той или иной степени принадлежали банку «СБС-Агро». Среди управляющих этими банками было несколько близких друзей Березовского и Романа Абрамовича. Американские следователи не нашли прямых доказательств того, что Березовский, Абрамович или Смоленский знали о сомнительной деятельности принадлежащих им малоизвестных структур, но тот факт, что в расследовании деятельности «Bank of New-York» фигурировал «СБС-Агро», не мог не сказаться на будущем Березовского.