Менее чем через год Путин действительно сменил Ковалева на посту директора ФСБ, но ключевую роль в этой замене играл не Чубайс, а Березовский. У Березовского были свои причины для устранения Ковалева. Когда Ковалев возглавлял ФСБ, был опубликован компрометирующий материал об отношениях между «Аэрофлотом» и «Andava». И хотя роль ФСБ в скандальной публикации не ясна, Березовский решил: Ковалев для него опасен. (Позднее Ковалев обнародовал свои политические взгляды, вступив в «Отечество — вся Россия», движение старого противника Березовского, московского мэра Юрия Лужкова.) Вскоре карьере Ковалева в ФСБ пришел конец — он сам стал жертвой скандала. В апреле 1998 года Александр Литвиненко, подполковник ФСБ из отдела по борьбе с организованной преступностью, и несколько его коллег объявили: им поручено убить Березовского. Это было странное откровение. Сам Литвиненко, будучи сотрудником спецслужб, подрабатывал в должности телохранителя Березовского. Именно он, с пистолетом в руке, преградил дорогу сотрудникам РУОПа, когда те хотели провести обыск дома приемов «ЛогоВАЗа» после убийства Листьева. Потом его отдел в ФСБ сотрудничал с Березовским во время многочисленных поездок в Чечню по проблемам заложников. По мнению осведомленных наблюдателей, план ФСБ по устранению Березовского — чистый вымысел. (Год спустя Литвиненко будет арестован по обвинению в проведении незаконных обысков и других злоупотреблениях служебным положением.)
«Мое личное мнение, что это некоторый блеф, — говорит Сергей Кириенко, бывший во время этой скандальной истории премьер-министром. — Сомневаюсь, что ФСБ когда-либо планировала бы какие-то акции против Березовского. Поэтому мне кажется, что это просто его давняя борьба, которая у него была с Ковалевым, и как бы нагнетание им своей собственной значимости, привлечение к себе излишнего внимания».
Так или иначе, вследствие этого скандала Ковалев был уволен, а в июле 1998 года на пост главы ФСБ назначили Владимира Путина. Для сотрудников ФСБ это назначение было полной неожиданностью. Путин дослужился лишь до подполковника, оставил работу в органах десять лет назад — и вот теперь ему доверили руководить всей структурой! Он быстро укрепил свои позиции, уволив человек тридцать генералов из руководства ФСБ и начальников подразделений, и заменил их верными людьми. Вскоре он доказал свою политическую преданность шефу, президенту Ельцину, разрушив политическую карьеру генпрокурора Юрия Скуратова.
«Прокурор Скуратов, который вел дела о коррупции и постоянно заявлял о намерении искоренить коррупцию в России, неожиданно споткнулся, обнаружив ниточку, ведшую в Кремль, — замечает бывший генерал КГБ Олег Калугин. — Вместо того чтобы отдать распоряжение о прекращении расследования, он позволил его продолжать. В результате всплыли имена членов семьи Ельцина, самого Ельцина, имена его финансовых спонсоров и гарантов — все оказалось зафиксировано на бумаге. Скуратову было велено прекратить расследование, но он уже ускользнул из-под контроля (Кремля)».
Деятельность самого Скуратова взялся расследовать Путин. В начале февраля 1999 года, когда Генпрокуратура объявила о ведении уголовных дел против Березовского и других приятелей Ельцина, российское государственное телевидение показало видеозапись обнаженного мужчины, похожего на Скуратова. Он резвился в постели с двумя проститутками. Кремль сразу же объявил об отставке Скуратова. Но генеральный прокурор нашел поддержку в Совете Федерации, который имел право ратифицировать увольнение и назначение генерального прокурора и отказался утвердить его отставку. Весь следующий год как Ельцина неоднократно пытался уволить Скуратова и изгнать с занимаемой должности, но сталкивался с постоянным сопротивлением Совета Федерации.
«И все же Ельцин был убежден, что Путин — человек совершенно надежный, преданный интересам семьи (клана Ельцина), — замечает Калугин. — Путин — это человек „яволь“: если президент велел, Путин сделает. Это качество сделало его незаменимым для президента Ельцина».