Потом Столыпин перешёл к важнейшим законам, вносимым им на рассмотрение II Думы в обычном порядке, и символично, что все они касаются защиты прав граждан и внедрения в государственную жизнь, как ранее сформулировал Пётр Аркадьевич, «начал подлинной свободы». Особо отметим, что в связи с этим председатель Совета министров заявил о необходимости пересмотра всего законодательства империи: «Ранее всего правительство почло своим долгом выработать законодательные нормы для тех основ права, возвещенных манифестом 17 октября, которые ещё законом не установлены.
Тогда как свобода слова, собраний, печати, союзов определены временными правилами, свобода совести, неприкосновенность личности, жилищ, тайна корреспонденции остались не нормированы нашим законодательством. Вследствие сего,
«Началам подлинной свободы» служила и задуманная Столыпиным масштабная реформа по децентрализации управления, которую он считал необходимым начать претворять в жизнь после окончательного успокоения страны. Реформа так и осталась неосуществлённой, но не вызывает сомнения, что она полностью изменила бы весь облик чрезмерно забюрократизированной империи. Сын Столыпина Аркадий Петрович писал следующее о планах отца в этом вопросе: «…совсем неосуществлённое, преобразование касалось децентрализации – разделения Империи на области, располагающие правами самоуправления, при наличии в этих областях представительных учреждений.
Согласно намерениям П. А. Столыпина, реформа должна была быть осуществлена в областях, представлявших однородное целое, если не всегда в этническом, то по крайней мере в экономическом и бытовом отношении.
Составление проекта о децентрализации мой отец поручил Крыжановскому в 1907 году. Вот что Сергей Ефимович пишет о смысле этой реформы в своих воспоминаниях: «Децентрализация открывала простор местным творческим силам и, что имело немалое значение, давала возможность применять в разных местностях разные системы выборов, приспособленные к особенностям их общественного строя».
Согласно проекту, значительная часть Империи должна была быть разделена на одиннадцать областей. В каждой из них – областное земское собрание и областное правительственное управление. Туда должны были быть привлечены местные деятели. Областные земские собрания, образуемые на общих основаниях, привитых для земских выборов, получали широкое право местного законодательства по всем предметам, не имевшим общегосударственного значения. На первых порах реформа должна была коснуться одиннадцати областей: Прибалтийской и Северо-Западной областей, Польши, Правобережной и Левобережной Украины, Московской области, Верхнего и Нижнего Поволжья, Северной России (две области), Степной области (Западная Сибирь). Остальные части Империи – Казачьи области, Туркестан, Восточная Сибирь, Крым и Кавказ – пока оставались вне введения областного управления.
Проект этот был в 1909 году представлен на рассмотрение Императора с обстоятельно мотивированным на этот счёт докладом П. А. Столыпина. Но, как это бывало порой, реакция Царя была двойственной и нерешительной.
Предлагаемым преобразованиям он выразил своё полное одобрение, но решил отложить этот вопрос до того, как окончательно выяснятся результаты сотрудничества правительства с Третьей думой. Оттяжка оказалась равносильной отказу. Убийство моего отца положило конец этому замыслу.