11. Сословным и иным законным организациям и частным лицам, если содержимые ими школы входят в общую школьную сеть, Министерство народного просвещения даёт пособие, в случае признания в том необходимости, по вышеуказанному расчёту (п. 8) на тех же основаниях, как и учреждениям общественного самоуправления.
12. Впредь до получения и утверждения школьных сетей и планов введения всеобщего обучения от местных самоуправлений, Министерство народного просвещения распределяет ассигнованный по его смете кредит, по соображению с местными нуждами и требованиями, применительно к изложенным положениям, имея в виду осуществление всеобщего обучения в данной местности».
Однако эта важнейшая реформа Столыпина (впрочем, как и ряд других) не была реализована. И отнюдь не по вине премьера. Законопроект был внесен в Думу ещё в 1907 году, получил одобрение, но у Государственного совета были замечания (совершенно не принципиального характера), которые парламент счёл неприемлемыми. В итоге, уже после смерти премьера, в 1912 году Государственный совет окончательно отклонил законопроект и всеобщее начальное обучение в Российской империи так и не было введено. За политическими и личными амбициями и левые в Думе, и правые в Государственном совете забывали об интересах народа…
Особо остановимся на том, что Столыпин обещал провести реформу высшей школы на началах царского указа от 27 августа 1905 года. Имелись в виду высочайше утверждённые «Временные правила об управлении учебными заведениями Министерства народного просвещения» (17 сентября 1905 года они были также распространены и на высшие учебные заведения других ведомств). «Временными правилами» профессорским коллегиям возвращалось право избрания ректора и его помощника (проректора), деканов и секретарей факультетов. Ректору также переходила в подчинение и «инспекция студентов» (де-факто полиция высшего учебного заведения), ранее управлявшаяся попечителями учебных округов.
Однако «Временные правила» действовали лишь до октября 1905 года. В первую очередь университетской автономией воспользовались революционные партии, сделавшие высшие учебные заведения площадкой для антиправительственных митингов. Полиция здесь была совершенно бессильна – она не могла войти без разрешения ректоров, а последние вполне отдавали себе отчёт, что за подобное разрешение могут заплатить жизнью – террористы в отношении учёных мужей никаких сантиментов не испытывали. В конечном итоге это привело к тому, что 14 октября правительство временно закрыло высшие учебные заведения, а после возобновления их деятельности «Временные правила» фактически не применялись.
Возвращение Столыпиным к уважению правительством автономии высших учебных заведений было важным не только для дальнейшего развития вышей школы. Одновременно премьер демонстрировал, что Совет министров настолько уверен в своих силах, необратимости поражения революции и успокоения страны, что не боится полноценной университетской автономии. Но при этом правительство предприняло необходимые меры для недопущения использования высших учебных заведений в революционных целях. С этой целью были подготовлены следующие правила, которые были утверждены императором: «Совет министров полагал:
I. Относительно образования студенческих организаций и устройства в стенах высших учебных заведений собраний постановить следующие правила:
1. Студентам высших учебных заведений разрешается образовывать организации, преследующие цели, не противные существующим узаконениям и правилам. Уставы таких организаций утверждаются советом университета или соответствующею ему в других высших учебных заведениях коллегиальною или единоличною властью.
2. Организации, не имеющие утверждённых установленным порядком (ст. 1) уставов, признаются незаконными.
3. Постановления, исходящие от студенческих организаций, уставы коих не утверждены (ст. 2), не могут быть принимаемы органами управления высших учебных заведений ни к сведению, ни к обсуждению, ни к разрешению.
4. Никакие отдельные студенческие кружки, общества и иные организации не могут быть признаваемы в качестве представительных органов всех студентов данного учебного заведения, и учебное начальство (советы, ректоры, директоры, деканы, профессоры и др.) ни в какие сношения с такими организациями по вопросам, заявляемым от лица всего студенчества, не вступает.
5. В стенах высших учебных заведений допускается в установленном порядке устройство: а) публичных собраний и б) частных собраний студентов данного учебного заведения.
6. Публичные собрания (ст. 5, п. а) могут быть только учебного характера или такие, которые разрешены действующими уставами учебных заведений или изданными о таковых собраниях правилами [Имен. Выс. указ 4 марта 1906 г. (27480), отд. III, ст. 1]. Публичные собрания, уставами учебных заведений не предусмотренные, должны быть устраиваемы с соблюдением указанного в означенных правилах (там же, отд. III, ст. 5—15) порядка.