Для укрепления влияния Российской империи в Европе и США (в том числе с целью получения займов) это было не менее важно, чем для установления внутренней стабильности, невозможной при наличии ограничений прав граждан по конфессиональному признаку. Кроме того, Столыпину, как глубоко верующему православному человеку (для которого, согласно посланию апостола Павла, «нет ни Еллина, ни Иудея, ни обрезания, ни необрезания, варвара, скифа, раба, свободного, но всё и во всём Христос»), были глубоко отвратительны любые проявления национальной и религиозной ненависти, в том числе и антисемитизм. Например, во время рокового приезда в Киев в 1911 году, он был (как, впрочем, и сам император) предельно возмущён тем, что попечитель Киевского учебного округа Пётр Алексеевич Зилов запретил учащимся-евреям стоять в шпалерах во время шествия царя с крестным ходом к месту открытия памятника Александру II. И это при том, что Зилов руководствовался вовсе не юдофобскими соображениями, а посчитал церемонию исключительно церковной, в которой должны участвовать только православные. Тогда он сказал губернатору следующие, не оставляющие сомнения в его подлинной позиции, слова: «Произошло то, что Государь узнал о случившемся раньше меня. Его Величество крайне этим недоволен и повелел мне примерно взыскать с виновного.
По инициативе премьера, Совет министров ещё в конце 1906 года передал императору свои предложения, содержавшие перечень мер по снятию дискриминационных ограничений с лиц иудейского вероисповедания. Хотя они полностью и не отменяли позорной черты оседлости, но не вызывало сомнения, что их реализация в дальнейшем приведёт именно к этому результату.
У самодержца тогда не хватило решимости стать на предложенный Столыпиным путь, что неминуемо означало бы резкий конфликт с крайне правыми, представлявшимися ему наиболее надёжной опорой трона. О мотивах, объясняющих, почему он отказался пойти на снятие ограничительных мер, Николай II написал премьеру следующее: «Возвращаю Вам журнал по еврейскому вопросу не утвержденным.
Задолго до представления его мне, могу сказать, и денно и нощно, я мыслил и раздумывал о нём.
Несмотря на самые убедительные доводы в пользу принятия положительного решения по этому делу – внутренний голос всё настойчивее твердит мне, чтобы я не брал этого решения на себя. До сих пор совесть моя никогда меня не обманывала. Поэтому и в данном случае я намерен следовать её велениям.
Я знаю, Вы тоже верите, что «сердце царево в руцех Божиих».
Да будет так.
Я несу за все власти, мною поставленные, перед Богом страшную ответственность и во всякое время готов отдать ему в том ответ. Мне жалко только одного: Вы и Ваши сотрудники поработали так долго над делом, решение которого я отклонил».
Показательно, что председатель Совета министров в ответном письме монарху был обеспокоен не только провалом одного из важных направлений реформ, но и тем, чтобы ответственность за это не пала на Николая II (что ещё раз показывает откровенную надуманность всех разговоров правых о намерении премьера узурпировать власть): «Только что получил Ваше повеление относительно оставления без последствий журнала по еврейскому вопросу Вашему Величеству известно, что
В этих видах, а не из желания испрашивать каких-либо изменений решения Вашего по существу, я осмеливаюсь писать Вашему Величеству