Как и те, кого некогда потряс призыв Урбана II, он понимал принятие креста в буквальном смысле. И своей удивительной мистической интуицией он определяет новый путь отправляя своих братьев в Святую Землю, он более всего желал, чтобы они стали мучениками. Когда он узнал, что пятеро из них, повторившие его подвиг, были убиты толпой, то воскликнул: "Хвала Христу, теперь я знаю, что имею пятерых меньших братьев". Жак де Витри вспоминал начало этой евангелической миссии: "Сарацины охотно слушали братьев миноритов, когда те говорили о вере Христа и евангелическом учении до тех пор, пока их слова не начинали явно противоречить учению Магомета и он не представал вероломным лжецом в их проповедях; тогда их начали нечестиво избивать, и если бы не чудесное вспомоществование Бога, то их убили бы".
В Святой Земле святого из Ассизи притягивали и ясли младенца Христа. Известно, как он впервые открыл верующим вифлеемскую пещеру в Греччо и как с тех пор развилось, особенно с XIV в., почитание Святого Младенца наряду с почитанием крестного пути. Все то, что столь глубоко обновило христианскую чувственность, зародилось в этом первом путешествии Св. Франциска в Святую Землю, совершенном в грохоте сражений и шума раздоров между христианами. Расточением любви и безумно героическим поступком он оставил в прошлом образ вооруженного рыцаря, принимающего крест ради завоевания Иерусалима. Решения XI в. не подходили отныне для века XIII, когда полностью преобразился идеал "воинства Христова", и первый шаг в этом устремлении переосмыслить значение креста был сделан братом Франциском между двумя воюющими лагерями под Дамьеттой.
Крестоносцы, однако, продолжали воевать, совершенно не понимая возвышенного поступка, совершенного на их глазах. Кардинал Пелагий считал, пока Франциск был у султана, что нищенствующий брат отрекся от христианства. Что касается других прелатов, то об их впечатлении о Франциске можно догадываться по опасениям, выраженным Жаком де Витри в его "Восточной истории" и письме, написанном в Дамьетте в марте 1220 г.: "Мы видели первого основателя и главу этого ордена, которому все его члены повинуются как великому приору; это человек простой и безграмотный, любимый Богом и людьми, а зовут его братом Франциском... Глава братьев миноритов, учредивший их орден, прибыл в нашу армию; воспылав ревностию к вере, он отправился в армию сарацин и в течение нескольких дней с большим успехом проповедовал им слово Божье; султан, король Египта, просил его помолиться Господу, чтобы он помог ему обратиться в веру, наиболее угодную Богу. В этот орден вступил клирик Колен Англичанин и два моих собрата, мэтр Мишель и сир Матье, которым я поручил попечение о церкви Св. Креста в Акре, и я с трудом удерживаю от этого шага своего певчего, а также Анри и некоторых других".
Необъяснимое в глазах прелата побуждение, влекущее его собратьев к неприметному человеку в грубой рясе. В другом месте он с чисто церковной осмотрительностью выразил свои опасения в отношении этого человека: "Этот человек показался мне очень опасным, поскольку он не только совершенных, но и молодых, несовершенных людей, которых следовало бы еще какое-то время подчинять монастырской дисциплине, чтобы приучить их к ней и испытать, рассылает по двое по всему свету". Вполне естественное благоразумие, проявлявшееся в заботе о путях церкви, но близорукое в отношении чудес, которые стало творить "безумство веры". А выступление брата Франциска вскоре принесло неожиданные плоды, и в линию его поведения выстроились некоторые факты, которые невозможно было предвидеть несколькими годами ранее. Прежде всего, это письма, которые сам папа Григорий IX отправил в 1233 г султану Марокко и султану Египта, чтобы убедить их волнующими словами принять христианскую веру "Мы изо всех сил молим Отца света, зная его благую любовь, наставляющую нас, чтобы он милостиво снизошел к нашим мольбам и проявил свое великое милосердие. Пусть Он разверзнет ваши уши и ваш разум, дабы в благочестии сердца и смирении духа вы пришли к нам, жаждущим благодати в настоящем и славы в будущем.. Пусть покажет Он вам своего единственного сына, чтобы пришедши к христианской вере через крещение, вы могли бы стать благодаря совсем новой жизни возлюбленными приемными сынами Господа, желающего, чтобы все верные царствовали с Ним на небесах".
Именно ученикам Св. Франциска папа доверил эти письма, поскольку они уже начали образовывать своего рода почетную гвардию Святой Земли, которая впоследствии им и была доверена Час миссионерства еще не пробил; лишь в конце этого века Раймунд Луллий набросал настоящую миссионерскую программу, но попытки полностью преобразовать крестовый поход, так чтобы приблизиться к миру ислама одним только оружием Евангелия, уже не прекращались.