Иннокентий III строго предписал всем прелатам требовать самого неукоснительного участия католиков в походе. Ради возбуждения религиозного пыла священнослужителям всех рангов вменялись в обязанность не останавливаться перед отлучением нерадивых к священному делу и даже перед наложением интердикта на их земли. Иннокентий III "властью, которую Бог даровал нам, хотя и недостойным, вязать и решить" (евангельское выражение, применяемое в документах папства для обозначения права священнослужителей прощать грехи или снимать отлучение), объявил о самом широком отпущении грехов всем участникам Крестового похода. Вечного спасения, объявил он, удостоятся "как те, которые приняли не личное участие, но на свой счет и сообразно своему имуществу поставили надлежащих воинов, так и те, которые, хотя и на чужой счет, лично отправились в поход". Крестоносцев освободили от всех налогов, "их личность и достояние, по принятии креста, находятся под покровительством блаженного Петра и нашим собственным".
Весьма серьезно беспокоила Иннокентия III финансовая сторона предприятия. Чтобы обеспечить поступление нужных денежных сумм, он ввел в конце 1199 г. особую крестоносную подать на духовенство в размере 1/40 годового дохода церквей и монастырей. Такой же платеж должны были произвести некоторые непривилегированные монашеские ордены. Чтобы избежать недовольства прижимистых каноников и монахов, папа предусмотрительно уведомил их: эта подать — экстраординарная и он не намерен практиковать ее в будущем в качестве постоянного налога на имущество церковных учреждений.
Опасения папы насчет "щедрости" церковнослужителей оказались не напрасными. Французские епископы, например, так и не внесли крестоносной подати, хотя иные из них пообещали даже предоставить апостольскому престолу больше того, что он требовал; несколько позднее, уже в 1201 г., Иннокентий III укорял французских церковников: они добровольно обязались внести 1/30 доходов, а до сих пор не уплатили и 1/40, причитавшейся согласно его, папы, повелению. Возроптали и церковнослужители в других странах. Папские сборщики кое-где навлекли на себя подозрение: не прилипнут ли собранные ими суммы к пальцам римских иерархов? Английский хронист-монах Матвей, неизвестно почему прозванный Парижским, называет папский налог неугодным Богу: таково было, видимо, общественное мнение церковных кругов. Сопротивлялись уплате крестоносных денег и некоторые монашеские ордены: жадные цистерцианцы особенно упорно отстаивали свою свободу от обложения, считая нововведение чуть ли не гонением на орден.
Стремясь подать скаредным клирикам живой пример благочестивой щедрости. Иннокентий III обязался отдать 1/10 доходов курии на нужды похода.
Бурную деятельность развернул Иннокентий III и на дипломатическом поприще. В то время во Франции шла война между Филиппом II Августом и Ричардом Львиное Сердце. Это мешало французским и английским рыцарям и сеньорам принять участие в затевавшемся папой предприятии. Для того, чтобы примирить враждующие стороны, Рим направил туда легата — кардинала-дьякона храма св. Марии Петра Капуанского. Ему удалось добиться заключения перемирия между Францией и Англией в январе 1199 г. (через четыре месяца после этого Ричард I погиб при осаде замка одного из своих вассалов в Нормандии). Одновременно с Петром Капуанским другой папский посланец, кардинал Соффредо, был снаряжен в Венецию: только она могла бы обеспечить морскую переправу будущим крестоносцам. Генуя и Пиза находились тогда в состоянии торговой войны, и папа, правда безуспешно, старался помирить запальчивых соперников (в эти два города также отрядили двух кардиналов).
Не обошел стороной Иннокентий III и Германию. С 1198 г. здесь ожесточенно враждовали между собой две феодальные группировки — Штауфены и Вельфы. Каждая выдвинула своего претендента на королевский трон, в результате чего королями были избраны сразу двое: Филипп Швабский, сын Фридриха Барбароссы, и Оттон Брауншвейгский (Вельф), приходившийся по материнской линии племянником Ричарду Львиное Сердце. Папа тотчас вмешался в эту феодальную распрю: через своих посланцев и в письменных обращениях к обоим немецким королям и князьям он увещевал враждующие партии положить конец раздорам. Вмешательство Иннокентия III в германские дела диктовалось главным образом соображениями, связанными с продолжавшейся уже свыше сотни лет борьбой папства и империи.