После смерти султана в марте 1193 г. его империя постепенно приходит в упадок, подтачиваемая постоянными междоусобицами наследников султана. Еще брат Салах-ад-Дина и его преемник султан Аль-Адиль (1200–1218), известный под именем Сайф-ад-Дина (Меч веры) сохраняет целостность и мощь государства и мудро правит Сирией и Египтом, поддерживая нейтралитет по отношению к крестоносцам. Но в 1217 г. те, нарушив сложившийся баланс сил, начинают новый крестовый поход, и уже в 1218 г. египетский султан узнает об осаде Дамиетты христианами. В разгар военной кампании Аль-Адиль умирает, и его сын Аль-Камиль (1218–1240), новый правитель государства Айюбидов, признанный своими братьями в Палестине и Сирии, предлагает взявшим в 1221 г. Дамиетту крестоносцам выгодные условия мира, от которых, как мы помним, те отказываются и в результате — к радости египтян — теряют завоеванный город.
Но в целом своей политикой Аль-Камиль скорее вызвал сильное недовольство мусульманского мира: ведь, как мы уже знаем, в 1229 г. он подписал с Фридрихом II договор, в соответствии с которым Иерусалим и Вифлеем передавались христианам, за исключением мусульманских святынь священного города — мечетей Куббат ас-Сахра и Аль-Акса. Вообще положение египетских Айюбидов становится непрочным. В 1240 г. к власти пришел сын Аль-Камиля Ас-Салих (1240–1250), который все еще управлял Сирией и Египтом. Почувствовав, насколько шаток его трон, султан, дабы обеспечить стабильность своей власти, стал все больше опираться на мамлюков — воинов рабского происхождения (чаще всего то были кипчаки, которых покупали в южнорусских степях). Нельзя сказать, что это было какое-то новшество: как мы знаем, уже в армии Салах-ад-Дина было немало мамлюков, но именно Ас-Салих стал сильно зависеть от них. Он также вступил в союз с хорезмийцами — вытесненным из Центральной Азии монголами народом, выходцами из Хорезма, военные силы которых султан использовал для устрашения соседей и обеспечения их лояльности. В 1244 г. хорезмийцы по приглашению Ac-Салиха прошли через Сирию и Палестину и вступили в Иерусалим, который, как известно, они полностью разрушили, оставив город в руинах. Осенью же 1244 г. в ранее упоминавшейся битве при Ла Форби султан, опять-таки в союзе с хорезмийцами, одержал победу в Сирии над своим дядей Ас-Салих Исмаилом, эмиром Дамаска и союзником крестоносцев. Так, нарушая семейные традиции, Ас-Салих начинает бороться со своими сородичами — сирийскими Айюбидами — и тем самым разрушает созданное Салах-ад-Дином государство.
Тем временем разрушение Иерусалима в 1244 г. вызывает ответную реакцию средневекового Запада — начинается экспедиция Людовика Святого, которая повторяет ошибки Пятого крестового похода: крестоносцы берут Дамиетту, но, не довольствуясь этим, решают идти в глубь Египта и утрачивают завоеванное. В разгар событий ас-Салих умирает, и мамлюки встают во главе сопротивления крестоносцам. В 1250 г. в битве при Эль-Мансуре крестоносцы были ими наголову разбиты, а французский король вместе своими рыцарями попал в плен. Тем временем сын ас-Салиха и его законный наследник Туран-шах, узнав о смерти отца, прибывает из своего иракского удела в Эль-Мансуру. Он пытается отодвинуть от власти своих соперников — мамлюков, входит с ними в конфликт и в конце концов погибает от их меча.
Так в 1250 г. мамлюки свергли Айюбидов и взяли власть в свои руки. Но никто тогда еще не предполагал, что они будут удерживать ее вплоть до начала XVI в. В первое десятилетие правления — с 1250 г. по 1260 г. — мамлюки столкнулись с угрозой монгольского нашествия. Монголы еще в 1241–1243 гг. завоевали всю Анатолию, а затем в 1256 г. приступом взяли крепость Аламут — оплот исмаилитов в Иране — и в 1258 г. под началом хана Хулагу (внука Чингис-хана) осадили Багдад, подвергнув блистательную столицу Аббасидского халифата неслыханному разгрому: дворцы и мечети были разрушены, библиотеки сожжены, уничтожен «Дом мудрости» — интеллектуальный светоч исламского мира, а последний багдадский халиф Аль-Мустасим Биллах — религиозный глава мусульманского мира — согласно преданию, был растоптан монгольскими конями. Следующими целями захватчиков были Сирия и Египет. Они осадили Алеппо, Дамаск сдался без боя, а правитель Сирии сбежал из страны, не будучи способен защитить страну. Однако в Египте монголы встретили яростное сопротивление мамлюков: 3 сентября 1260 г. при Айн-Джалуте (неподалеку от Назарета) между армией египетских воинов под командованием султана Кутуза и эмира Бейбарса — с одной стороны, и монгольским корпусом во главе с военачальником Китбукой — с другой, состоялось судьбоносное сражение, в котором монголы были наголову разбиты, и тем самым Египет был спасен. Правда, плодами победы Кутуза воспользовался Бейбарс, убивший соперника и ставший египетским султаном.