Несмотря на попытки стабилизировать ситуацию в Центральной и Северной Италии, папам лишь отчасти удалось вернуть контроль над патримонием св. Петра, и в 1378 г., дабы совсем не утратить власть над Папской областью, последний авиньонский папа Григорий XI (1370–1378) вернулся в Рим, где вскоре скончался. После его смерти по поводу выборов нового папы завязалась жаркая дискуссия, которая привела к расколу в западной Церкви. Во время обсуждения кандидатур на Святой Престол христиане Рима потребовали избрать новым папой римлянина или хотя бы итальянца, и под их давлением предпочтение было отдано Урбану VI. Однако авиньонский клир объявил выборы недействительными и признал папой француза Климента VII. Так началась т. н. Великая схизма, продолжавшаяся вплоть до 1417 г., когда в течение почти 40 лет одновременно выбирались папы от той и другой стороны, а в 1409 г. церковный собор в Пизе, низложив обоих пап — римской и авиньонской линий, — выбрал еще и третьего. Соперничавшие между собой партии — папы и их сторонники — вели друг против друг крестовые походы. Так, в 1383 г. Генрих Деспенсер, воинственный епископ Норвича, получил разрешение королевского совета на крестовый поход во Фландрии, дабы помочь выступившим против Франции мятежникам, которые были сторонниками «итальянского» папы — Урбана VI. И такие экспедиции повторялись не раз. Неудивительно, что «Великая схизма» (раскол западной Церкви) нанесла папству немалый моральный ущерб. Взаимные анафемы, произносившиеся понтификами, военные действия, которые их союзники вели друг против друга — все это способствовало падению престижа папства. К тому же нарастающими темпами происходило обмирщение пап, начавшееся еще во время «авиньонского пленения» — роскошь папского двора впечатляет современников, которые также отмечают невиданный рост доходов папства, вводившего в свою пользу регулярные поборы (такие, как аннаты, сполии и пр.). Как и раньше, средневековые миряне порицали пап и за то, что они распыляют средства, предназначенные для крестоносных экспедиций в Святую Землю, тратя их на борьбу с мятежниками. Последний из антипап Великого западного раскола Иоанн XXIII в 1409–1412 гг. направил крестовый поход против злейшего врага понтификов — короля Неаполя Ладислава, безуспешно пытавшегося установить свою власть в Папской области и даже в Риме. Иоанн XXIII выпускал буллы против своего противника и раздавал индульгенции сражавшимся против государя крестоносцам. Через несколько лет после этих событий — в 1414 г. — был созван очередной церковный собор в Констанце (1414–1418), который наконец-то положил конец схизме, избрав нового папу — Мартина V (1417–1431).
Рассмотренные здесь крестовые походы, как можно понять, вписываются в старую традицию крестоносного движения — «внутренних походов» Церкви (