Вечное соперничество и вражда между греками и латинянами находят свое разрешение в крестоносной экспедиции 1202–1204 гг., завершившейся взятием и разграблением Константинополя. Так поразительным образом крестовый поход, изначальная идея которого заключалась в освобождении и защите восточных христиан, в начале XIII в. приводит к военному конфликту между латинянами и Византией. Западные рыцари обвиняют греков-схизматиков в предательстве крестоносного дела, в противоправных действиях и узурпации власти законного правителя и так оправдывают войну против Византии. Греки же окончательно убеждаются в разбойничьем характере крестового похода, в котором венецианцы в своих целях используют алчность крестоносцев, жаждущих заполучить византийские богатства. Сам факт разграбления величайшей столицы мира произвел неизгладимое впечатление на греческий мир и способствовал дальнейшему отчуждению. Именно в 1204 г. политические факторы, наложившись на церковные, в совокупности привели к подлинному расколу христианской Церкви на западную и восточную.
Можно считать, что все же главной причиной фатальных противоречий крестоносцев и Византии было то изначальное непонимание, которое встретила у греков сама идея крестового похода. В начале крестоносной эпопеи их рассказы о притеснениях восточных христиан и насильственных действиях турок, имевшие цель привлечь внимание к проблемам Византийской империи, их постоянные обращения за помощью к папству и рыцарству были восприняты на Западе совсем не так, как того желали византийцы. Западные христиане использовали представившийся им повод для объявления священной войны против иноверцев, что империя отнюдь не имела в виду. Греки не понимали великого порыва религиозного энтузиазма, с каким Запад откликнулся на призыв Урбана II, и видели в крестовом походе только политическое предприятие. Примечательно, что если войны византийского императора Ираклия I против персов, в результате которых он в 628 г. вернул главную христианскую святыню — Честной Крест, — рассматривались в латинской традиции как предтеча крестоносного движения, то в самой Византии их никогда не воспринимали как священную войну. Вообще идея справедливой войны в защиту христианства против нападений или угроз неверных, ради отвоевания незаконно захваченных у христиан святых мест была совершенно чужда Византии. Восточная империя по существу не отошла от представлений, существовавших еще в античном Риме, где не делалось различий между справедливыми и несправедливыми войнами, так как все войны велись либо против варваров, либо против мятежников, а значит, с точки зрения римлян, все были справедливыми. Византия восприняла эту идею, но с обратным знаком: христианская империя тоже не делила войны на законные и незаконные, но при этом считала все военные действия злом. На Западе же эти представления вытеснили новые, более практичные идеи, в основе которых лежало учение о праве христианского общества на войну, и в этом смысле западная Церковь оказалась гибче, чем более суровая и жесткая Церковь Византии. Греки были скандализованы западными представлениями о том, что война может быть священной, что убийство людей допустимо рассматривать как благочестивое дело, а кровопролитием можно спасти душу. В отличие от христианского Запада, в Византии не отступали от евангельских принципов, запрещавших христианам проливать кровь, как и от ветхозаветной заповеди «Не убий». Характерное же для идеологии крестового похода представление о том, что умерший на поле боя может заслужить венец мученичества, вообще вызывало отвращение греков. Эта идея порождала у них ассоциацию с понятием джихада у мусульман, которые были главными врагами Византии. В X в. отличившийся своими победами над арабами полководец и император Никифор II Фока пытался внедрить представление о священной войне в сознание византийцев: он просил константинопольского патриарха почтить память погибших в войне против неверных и увенчать их венцом мученичества, но встретил сухой и решительный отказ. С точки зрения греческого клира, лишение неверного жизни есть грех, от которого надо очиститься. Воин, совершивший убийство, должен понести наказание, даже если убивает во имя благого дела. В Византии следовали «канону» Василия Великого, который призывал в течение трех лет отказывать в причастии тому, кто убил врага на войне. Клириков же, обагривших руки кровью, подвергали интердикту. Возможно, что на практике эти принципы даже и нарушались, но в любом случае первоначальные идеи, высказываемые отцами Церкви, запрещавшими христианам брать оружие в руки, были чрезвычайно крепки в Византии.