И здесь планам Германа фон Зальце наносится новый тяжелый удар, и притом оттуда, откуда вовсе не ждали. Против притязаний ордена — церковной, по сути, организации — неожиданно выступает сама католическая церковь. Как раз в это время умирает папа 1'онорий III, и на апостольский престол избирается Григорий IX — сильная личность, жесткий и прямолинейный политик. Новому папе не нравится сближение ордена с императором, которого он ненавидит. Чуть ли не первым же эдиктом нового римского главы Фридрих II отлучается от церкви, а его распоряжения объявляются не подлежащими исполнению. Фактически, папа отказывает ордену в праве на новые земли. Чтобы объяснить занятую им антиорденскую позицию, Григорий IX ссылается на то, что и права на войну, и права на завоеванные земли еще при великом Иннокентии были переданы основателю Риги епископу Альберту и созданному им (и подчиненному ему) ордену Меченосцев. Для Тевтонского ордена. здесь земель нет и не будет: идите.и воюйте в Святой Земле за освобождение Иерусалима — таков непреклонный вердикт папы.
Возможно, другой человек после такого неожиданного афронта был бы окончательно сломлен, но только не Герман фон Зальце. Сейчас, когда цель уже так близка, тевтонский гроссмейстер не собирается от нее отказываться. С истинно немецким упорством, не обращая внимания на неудачи, фон Зальце продолжает свою игру. Он лавирует между папой и императором, заверяя каждого в своей личной преданности. Его положение легким не назовешь, но вскоре тевтонец добивается первого успеха — не слишком искушенный в интригах Григорий IX посчитал, что Немецкий орден станет его союзником в борьбе с Фридрихом II. В 1228 году папа выпускает буллу, дающую тевтонцам все те привилегии, которыми пользуются старые ордена храмовников и госпитальеров. То есть, Тевтонский орден подчиняется и становится подотчетен только лично первосвященнику Рима, получает права экстерриториальности, освобождается от выплаты десятины и т. н. «крестовых денег». На передачу земель папа, впрочем, не соглашается, но вскоре спор двух церковных институтов разрешается довольно неожиданно, но самым обыденным способом. В 1229 году умирает епископ Альберт, т. е. уходит главная фигура, противостоящая амбициям Ордена. Папа колеблется, даже ищет Альберту замену, но здесь уже Герман фон Зальце подключает все свое влияние, понимая, что такой случай упускать никак нельзя. И, наконец, гроссмейстер добивается своего и может торжествовать победу — в 1230 году Григорий IX утверждает права Тевтонского ордена на Хельм и Прусские земли. Двадцатилетние усилия приносят свои плоды - с этого времени нормальная жизнедеятельность ордену обеспечена.
Сохраняются, правда, еще конкуренты, также борющиеся с язычеством — основанный в 1202 году орден Меченосцев и польский Добринский орден. Но Герман фон Зальце и здесь доводит дело до логического конца. В 1235 году Добринский орден по приказу папы вливается в ряды тевтонцев, причем польским рыцарям запрещается занимать какие-либо руководящие орденские посты (эта дискриминационная мера будет отменена только через два столетия, уже после Грюнвальдской битвы). Через два года приходит черед и немецкого ордена Меченосцев. По указу Григория IX меченосцы присоединяются к Тевтонскому ордену, правда, сохраняют определенную автономию — так, они имеют собственного магистра, которого выбирает тевтонский гроссмейстер из представленных ему двух кандидатов. Остается и некоторая самостоятельность в принятии решений. В определенном смысле, это больше походит на унию, чем на полное слияние и подчинение, но в этой унии тевтонцы полностью доминируют.
Подчинение ордена Меченосцев стало последним успехом Германа фон Зальце. Вскоре гроссмейстер ордена тевтонских братьев умирает. И самой достойной эпитафией этому действительно великому магистру являются слова Петра из Дуйсбурга — официального хрониста тевтонского ордена. «Он был красноречивый, приветливый, мудрый, осмотрительный, прозорливый и прославленный во всех делах своих... Так с течением нремени преуспел Орден, возглавляемый им, что вскоре после смерти его насчитывалось в вышеупомянутом ордене две тысячи братьев из знаменитых родов королевства Алемании (Германии)... Ведь так возвысился Орден благодаря ему, что неслыханно было испокон веков, чтобы какая-либо другая религия или орден так преуспели бы в этом мире благодаря одному человеку... Держал он в руке своей господина папу и императора, не говоря о прочих правителях и магнатах... получал все, чего бы ни попросил у них ради чести и пользы Ордена своего». Что ж, поистине великолепная эпитафия, перед которой остается только снять шляпу, пусть даже немецкий хронист в своем патриотическом рвении немного и преувеличил заслуги и таланты великого гроссмейстера.